Det er nævnt umiddelbart ovenfor, at visse fusioner kun kan gennemføres som skattepligtige fusioner.

Foretager en fond eller en forening en skattepligtig fusion, skal den ophørende fond eller forening skattemæssigt behandles som i opløsningstilfældet. Den ophørende fond kan dog uddele sine aktiver til den modtagende fond, og den ophørende fond har således fradragsret for uddelingerne efter FBL § 4, stk. 1 eller 2. Den formuefordel, som tilflyder den modtagende fond eller forening ved fusionen, må sidestilles med en gave. Spørgsmålet om, hvorvidt fonden er skattepligtig af et sådant gavebeløb, afgøres efter FBL § 3, stk. 3. Der henvises til afsnit S.H.14.1.

Skattepligtig fusion kan foretages med tilbagevirkende kraft, se hertil afsnit S.D.1.