Mellemregningskontoen er en konto, hvortil den skattepligtige kan overføre beløb fra privatøkonomien til virksomhedsøkonomien i stedet for at foretage indskud på indskudskontoen. Hvis mellemregningskontoen anvendes, indebærer det blandt andet, at beløbene kan tilbageføres skattefrit til privatøkonomien uden om hæverækkefølgen - i modsætning til beløb på indskudskontoen, der som hovedregel kun kan tilbageføres til privatøkonomien i hæverækkefølgen.