Efter VSL § 2, stk. 3, skal en skattepligtig, som driver flere virksomheder, behandle alle virksomhederne som én virksomhed, hvis virksomhedsordningen anvendes.

I overensstemmelse hermed indebærer den regnskabsmæssige adskillelse af økonomien i en privatøkonomi og en virksomhedsøkonomi således også kun én virksomhedsøkonomi for erhvervsdrivende, som driver flere virksomheder. Det vil sige, at indskudskonto, konto for opsparet overskud, mellemregningskonto m.v. opgøres for alle virksomhederne under ét. Kapitalafkastet beregnes ligeledes for virksomhederne under ét.

Angående definitionerne på de omtalte konti m.v. henvises til E.G.1.2.2.1.

Princippet om, at flere virksomheder, som drives af en erhvervsdrivende, skal behandles som én virksomhed, indebærer, at modregning af underskud i anden indkomst m.v. kun kan foretages, hvis underskuddet ikke kan rummes i virksomhedernes samlede overskud for det pågældende år.

Princippet medfører også, at det er i hæverækkefølgen for samtlige virksomheder under ét, der skal overføres aktiver til den skattepligtige. Flytning af aktiver eller andre værdier mellem virksomhederne sker således inden for den samlede virksomhedsordning, uden at beløbene anses for overført til den skattepligtige i hæverækkefølgen. Dermed udløses der ikke beskatning af opsparet overskud.

Desuden indebærer princippet f.eks., at et eventuelt salgsprovenu ved salg af en af flere virksomheder tilgår virksomhedsøkonomien under ét og således som udgangspunkt ikke medfører nogen regulering af overskudsdisponeringen eller virksomhedens konto for opsparet overskud, mellemregningskonto og indskudskonto. Reglerne om delvis afståelse er beskrevet nærmere i E.G.2.15.1.4 og E.G.2.15.1.5, jf. VSL § 15, stk. 3, og § 15 a, stk. 1-2.

Efter VSL § 2, stk. 3, skal virksomhederne alene behandles som én virksomhed i relation til virksomhedsskatteloven. I relation til f.eks. bogføringsloven, skal virksomhederne ikke behandles som én virksomhed. Der skal dermed føres regnskab for hver virksomhed.

I SKM2008.1007.LSR  fandt landskatteretten, at en mellemregningskonto mellem to virksomheder i virksomhedsordningen ikke var et aktiv/passiv i virksomhedsordningen og skulle ikke indgå i forbindelse med omdannelse af den ene virksomhed efter reglerne i virksomhedsomdannelsesloven. Beløbet skulle således ikke medregnes ved opgørelsen af ejerens anskaffelsessum for de ved omdannelsen erhvervede anparter.