Der er i KSL § 48 E, stk. 5 og stk. 6 samt i § 48 F, stk. 2 og stk. 7 fastsat særlige regler for medarbejdere, der har fået godkendt sine kvalifikationer som forsker i forbindelse med ansættelse på en offentlig forskningsinstitution omfattet af lov om universiteter m.fl., lov om sektorforskningsinstitutioner samt lov om Danmarks Pædagogiske Universitet. Reglerne gælder også for medarbejdere, der i forbindelse med ansættelse i andre virksomheder og institutioner har fået godkendt sine kvalifikationer som forsker af et forskningsråd, jf. lov om forskningsrådgivning m.v.
Reglerne for godkendelse af en medarbejders kvalifikationer som forsker er fastsat i BEK nr. 568 af 22/06/2000 fra Ministeriet for Videnskab, Teknologi og Udvikling. Medarbejderen skal for at opnå godkendelse af sine kvalifikationer som forsker kunne dokumentere kvalifikationer svarende til niveauet for ansættelse som adjunkt eller derover eller som forsker/projektforsker eller derover ved offentlige institutioner som nævnt ovenfor.
Godkendelsen som forsker skal foreligge ved ansættelsens begyndelse. Det accepteres dog, at medarbejderen tiltræder stillingen, inden godkendelsen foreligger, hvis godkendelsen modtages inden for en frist, der svarer til den tid, det normalt tager at få behandlet en ansøgning om godkendelse af kvalifikationer som forsker.
De særlige regler for forskere forudsætter, at medarbejderen - udover godkendelsen af sine kvalifikationer som forsker - skal udføre forskningsarbejde. Dette skal fremgå af ansættelseskontrakten, som indgår i ansøgningen om godkendelse som forsker. Der skal være tale om en egentlig forskerstilling. Stillinger, som ikke indeholder sædvanlige forskningsforpligtelser, kvalificerer ikke til anvendelse af de særlige regler for forskere. Det betyder ikke, at stillingen ikke må indeholde undervisningsforpligtelser, men forskningsforpligtelsen skal have et omfang, der er sædvanligt for en forskerstilling på et universitet eller ved en forskningsinstitution. Se bemærkningerne til Lovforslag nr. 162/2007.
De særlige regler for forskere vedrører
- skattepligt i 3-års perioden forud for ansættelsen, jf. afsnit D.B.5.1.4
- tidligere ansættelse i virksomheden eller koncernen, jf. afsnit D.B.5.1.6
- kravet om minimumsløn, jf. afsnit D.B.5.1.8
- fritagelse for efterbeskatning, jf. afsnit D.B.5.2.5
Som nævnt i afsnit D.B.5.1.4 er det som hovedregel en forudsætning for at kunne anvende den særlige skatteordning, at medarbejderen ikke har været skattepligtig inden for de seneste 3 år, før han begynder ansættelsen.
Denne begrænsning gælder ikke for godkendte forskere, der har arbejdet i Danmark som gæsteunderviser i kortere perioder, før de bliver ansat på den særlige skatteordning. Disse personer kan anvende den særlige skatteordning, selv om de har været begrænset skattepligtige af lønindkomst som gæsteunderviser og lignende på universiteter og andre forskningsinstitutioner i en eller flere perioder af en samlet varighed på højst 12 måneder inden for de seneste 3 år før ansættelsens begyndelse. Se KSL § 48 E, stk. 6, 1. pkt.
Begrænsningen gælder heller ikke for godkendte forskere, der har opholdt sig i Danmark som gæsteunderviser og lignende på universiteter og andre forskningsinstitutioner, hvis opholdet udelukkende er finansieret af midler, der kommer fra kilder uden for Danmark. Disse personer kan anvende den særlige skatteordning, selv om de har opholdt sig her i landet mindst 6 måneder og er blevet fuldt skattepligtige ifølge opholdsreglen i KSL § 1, stk. 1, nr. 2. Perioden med fuld skattepligt må højst have varet 12 måneder inden for de seneste 3 år forud for ansættelsen. Se KSL § 48 E, stk. 6, 2. pkt.
Som nævnt i afsnit D.B.5.1.6 kan ordningen ikke anvendes i en virksomhed, hvor medarbejderen har været ansat inden for en periode på 3 år før og 1 år efter ophør af dansk skattepligt. Reglen gælder også ansættelse i koncernforbundne virksomheder.
Denne begrænsning er med virkning fra 14. juni 2009 (Lov nr. 462 af 12. juni 2009) bortfaldet for så vidt angår godkendte forskere, der har arbejdet i Danmark som gæsteforskere som nævnt ovenfor.
Godkendte forskere har endvidere - ligeledes med virkning fra 14. juni 2009 - mulighed for at anvende ordningen i en virksomhed eller institution, hvor de tidligere har været ansat under ordningen, selv om den tidligere ansættelse har fundet sted i perioden på 3 år før og 1 år efter ophør af dansk skattepligt. Se KSL § 48 F, stk. 2, 4. pkt. En forsker, der forlader landet efter ansættelse under ordningen i en dansk virksomhed eller institution behøver derfor ikke at vente 3 år, jf. KSL § 48 E, stk. 4, før han igen kan ansættes under ordningen samme sted.
De nævnte begrænsninger i afsnit D.B.5.1.4 og D.B.5.1.6 gælder dog også for forskere, der i den nævnte periode på 3 år før og 1 år efter ophør af dansk skattepligt har været almindelig skattepligtige uden at være gæsteunderviser som nævnt i KSL § 48 E, stk. 6.
Som nævnt i afsnit D.B.5.1.8 er det som hovedregel en forudsætning for at kunne anvende den særlige skatteordning, at medarbejderen er sikret en gennemsnitlig, månedlig minimumsløn i penge af en størrelse, som fastsættes i henhold til PSL § 20. Denne betingelse gælder ikke for godkendte forskere, der skal udføre forskningsarbejde. Se KSL § 48 E, stk. 5.
Som nævnt i afsnit D.B.5.2.5 kan der under visse betingelser opstå et krav om efterbeskatning af løn udbetalt under den særlige skatteordning, hvis medarbejderen bliver i Danmark mere end 4 år efter udløbet af perioden med bruttobeskatning.
Kravet om efterbeskatning gælder ikke for godkendte forskere, der udfører forskningsarbejde. Se KSL § 48 F, stk. 7, 1. pkt.
Kravet om efterbeskatning gælder heller ikke, når et forskningsråd har attesteret, at medarbejderen udfører forsknings- og udviklingsarbejde, uanset at medarbejderens kvalifikationer som forsker ikke er godkendt. I tilfælde af flere ansættelsesforhold i umiddelbar forlængelse af hinanden er det en betingelse, at samtlige ansættelsesforhold opfylder betingelserne. Se KSL § 48 F, stk. 7, 2. og 3. pkt.
Begrebet forsknings- og udviklingsarbejde skal forstås som arbejde inden for rammerne af OECD's retningslinier for forsknings- og udviklingsarbejde, som er gengivet som bilag 1 til Lovforslag nr. 162/2007.