Fortjenester ved afhændelse af skibe, som anvendes i tonnageskatteordningen, skal medregnes i rederiets skattepligtige indkomst og dermed beskattes efter de almindelige regler. Fortjenesten opgøres for hvert enkelt skib som forskellen mellem salgssummen og anskaffelsessummen tillagt udgifter til forbedring. Ved opgørelsen af den avance, der i et indkomstår kommer til beskatning efter disse bestemmelser, kan der fradrages tab på skibe, der både erhverves og afhændes inden for det samme indkomstår.

Der er ved lov nr. 539 af 6. juni 2007, indsat nye bestemmelser om fortjeneste ved salg af skibe. Indkomst heraf kan nu henføres under tonnageskatteordningen. ►Salg af skibsanpart omfatttet af tonnageskattelovens § 10, stk. 2, nr. 9, jf. SKM2009.526.SR◄. Om lovens ikrafttræden se indledningen til tonnageskatteordningen afsnit S.C.8.