I mangel af aftale mellem parterne fastsættes såvel den samlede overdragelsessum som fordelingen heraf af told- og skatteforvaltningen.

Den fordeling, som told- og skatteforvaltningen foretager, vil - ligesom når parterne selv har foretaget fordelingen - blive lagt til grund ved opgørelsen af sælgers afståelsessum henholdsvis købers anskaffelsessum for de overdragne aktiver. Told- og skatteforvaltningen skal selvstændigt fastsætte handelsværdien for de overdragne afskrivningsberettigede bygninger m.v. Det betyder, at der ikke blot kan lægges vægt på oplysninger fra vurderingssystemet, f.eks. den byggetekniske værdi.

Den byggetekniske værdi kan ikke i almindelighed antages at være udtryk for bygningens handelsværdi. Dette betyder, at den byggetekniske værdi ikke pr. definition kan anses for et passende udtryk for handelsværdien. Men omvendt betyder det ikke, at den byggetekniske værdi aldrig kan anses for et passende udtryk for handelsværdien. En oplysning om den byggetekniske værdi kan indgå som et af flere kriterier ved skattemyndighedernes fastsættelse af handelsværdien. Der vil endvidere kunne indhentes oplysninger fra f.eks. realkreditinstitutter, pengeinstitutter, ejendomsmæglere og forsikringsselskaber om den overdragne ejendom. Da der er tale om fordeling af et samlet vederlag, skal handelen anskues som en helhed. Dette indebærer, at der i forbindelse med opgørelsen af handelsværdien for de enkelte aktiver omfattet af overdragelsen må tages hensyn til den samlede overdragelsessum i det omfang, denne kan godkendes i skattemæssig henseende. Der kan således ikke for enkelte aktiver foretages en opgørelse af handelsværdien, som er uafhængig af den samlede overdragelsessum, hvorefter den resterende del af overdragelsessummen fordeles mellem de øvrige aktiver omfattet af overdragelsen. Hvis f.eks. en fast ejendom bestående af en afskrivningsberettiget bygning og jord handles mellem uafhængige parter til 1.000.000 kr., og told- og skatteforvaltningen antager, at jorden i ubebygget stand ville kunne indbringe 1.000.000 kr., betyder dette ikke, at vederlaget for bygningen kan ansættes til 0 kr., hvis bygningen må antages at have en værdi for køber. Der må i denne situation foretages en rimelig fordeling af det samlede vederlag på 1.000.000 kr. mellem jorden og bygningen.

Ved fastsættelsen af handelsværdien for bygninger og installlationer kan der bl.a. henses til, at en række bygninger og installationer som udgangspunkt antages at have en levealder på 25 år eller mindre, jf. listerne over vejledende levetider i afsnit E.C.4.4.2.1.

I SKM2006.508.VLR var skattemyndighederne i medfør af AL § 45, stk. 3, berettigede til at henføre en del af den samlede overdragelsessum for en landbrugsejendom til ejendommens driftsbygninger. Ejendommen blev på ekspropriationslignende vilkår solgt til amtet med henblik på, at driftsbygningerne skulle nedrives og en del af jorden anvendes til vejanlæg. Der blev ved afgørelsen lagt vægt på, at driftsbygningerne på aftaletidspunktet havde en økonomisk værdi for ejeren, da de gav ham lejeindtægter.

I SKM2008.12.ØLR havde parterne i forbindelse med overdragelse af et kraftvarmeværk pr. 1. april 1999 ikke fordelt den samlede overdragelsessum på de overdragne aktiver. Selv om parterene havde ansat en overdragelsessum for de grunde, hvorpå kraftvarmeværket var beliggende, havde  den skatteansættende myndighed, jf. den dagældende afskrivningslovs § 45, stk. 3, jf. stk. 2, haft hjemmel til at ansætte overdragelsessummen for grundene skønsmæssigt, fordi hele overdragelsessummen ikke var blevet fordelt på de overdragne aktiver. Det udøvede skøn over grundenes handelsværdi var dog foretaget på et mangelfuldt grundlag, da det havde taget udgangspunkt i - og fuldstændigt svarede til - den offentlige grundværdi. Med hensyn til en del af grundarealet var der forud for overdragelsen indhentet en vurdering fra en statsautoriseret ejendomsmægler, og denne vurdering fandt landsretten efter omstændighederne ikke grundlag for at anfægte. Hvad angik den øvrige del af grundarealet, hjemvistes  spørgsmålet om ansættelse af handelsværdien til den skatteansættende myndighed, idet landsretten udtalte, at arealet i mangel af andre holdepunkter skulle ansættes til samme pris pr. m² som det øvrige grundareal.