Uanset hovedreglen om den korte frist for ansættelsesændringer for fysiske personer, der er beskrevet under G.2.1 kan der i en række undtagelsessituationer iværksættes ændring efter d. 1. juli i det andet kalenderår efter det pågældende indkomstår. Der er tale om følgende undtagelsessituationer:

 Hele ansættelsen undtaget fra den korte frist

• når den skattepligtige ikke anses for at have enkle økonomiske forhold, jf. bekendtgørelsens § 1, stk. 1, nr. 1, jf. § 2. I sådanne tilfælde vil alle forhold i den pågældendes ansættelse kunne ændres inden for fristerne i SFL §§ 26 og 27. En skattepligtig anses ikke for at have enkle økonomiske forhold, hvis den pågældende

1. har indkomst eller fradrag af en sådan art, at den/det ikke er dækket af rubrikkerne på selve den fortrykte selvangivelsesblanket (blanket 04.048) for det pågældende indkomstår, excl. beregning af ejendomsværdiskat. Dvs. at den korte ligningsfrist ikke gælder, hvis der alene findes relevante rubrikker på et hjælpeskema, men ikke på selve blanket 04.048. Har den skattepligtige korrekt modtaget den udvidede selvangivelse fra SKAT, eller har den skattepligtige af egen drift anvendt og indgivet den udvidede selvangivelse, vil der kunne ændres efter ligningsfristens udløb, uanset om ændringen vedrører et forhold, der er dækket af en rubrik på den fortrykte selvangivelse.
2. har deltaget i et anpartsprojekt som nævnt i personskattelovens § 4, stk. 1, nr. 10 eller 12, eller i et anpartsprojekt som nævnt i personskattelovens § 4, stk. 1, nr. 10, 12 eller 13, som affattet ved lovbekendtgørelse nr. 772 af 29. august 2003.
3. har status som hovedaktionær efter aktieavancebeskatningsloven, eller
4. har indkomst fra udlandet eller fradrag vedrørende aktiver eller passiver i udlandet. Tilsvarende gælder Færøerne og Grønland.

Konkrete forhold i ansættelsen undtaget fra den korte frist

• når den skattepligtige selv har anmodet om genoptagelse og ændring af sin skatteansættelse inden for fristen i SFL § 26, stk. 2. Fristen i SFL § 26, stk. 1, 1. punktum, gælder i så fald for de ændringer af ansættelsen, der er en følge af genoptagelsesanmodningen, jf. bekendtgørelsens § 1, stk. 1, nr. 2.
• når SKAT af egen drift agter at nedsætte en skatteansættelse, jf. bekendtgørelsens § 1, stk. 1, nr. 3.
• når en ændring af en skatteansættelse er begrundet i et forhold, og et helt tilsvarende forhold begrunder genoptagelse og ændring af en skatteansættelse for et tidligere indkomstår. Fristen i SFL § 26, stk. 1, 1. punktum, gælder i så fald for ændringen af skatteansættelsen for det tidligere indkomstår, jf. bekendtgørelsens § 1, stk. 1, nr. 4. Et helt tilsvarende forhold vil fortrinsvis forekomme, når der er tale om den samme skatteretlige vurdering vedrørende dispositioner mellem de samme parter, eksempelvis beskatning af fri bil m.m. i det samme ansættelsesforhold. I sagen SKM2008.636.BR fandt retten, at en skønsmæssig ansættelse af befordringsfradrag vedrørende et indkomstår, hvor den korte ligningsfrist ikke var udløbet,  også kunne foretages vedrørende et indkomstår, hvor den korte ligningsfrist var overskredet, fordi der var tale om helt tilsvarende forhold. Der var tale om en tolk, der i begge indkomstår havde samme arbejdsgiver, men herudover havde opgaver som freelancetolk. 
• når betingelserne for ekstraordinær genoptagelse i SFL § 27 er opfyldt vedrørende et givent forhold i ansættelsen, jf. bekendtgørelsens § 3. Uanset henvisningen til SFL § 27 vil 6-mdr-reaktionsfristen i SFL § 27, stk. 2, ikke gælde, hvis ændringen er varslet inden udløbet af fristen i SFL § 26, stk. 1.

Særlig undtagelse om følgeændringer hos ægtefællenUanset den korte frist i bekendtgørelsens § 1, stk. 1, den ordinære ansættelsesfrist i SFL §§ 26, stk. 1, 1. punktum, og betingelsen i SFL 27, stk. 1, nr. 2, om ekstraordinær ansættelse, gælder særligt om følgeændringer hos den anden ægtefælle:

Når der sker en ansættelse af en ægtefælle, og ægtefællerne er samlevende ved indkomstårets udløb, og der som en direkte følge heraf kan foretages en ændring af den anden ægtefælles ansættelse af indkomst- eller ejendomsværdiskat, skal sidstnævnte ændring varsles senest 30 dage efter, at der er sket ændring af førstnævnte ægtefælles ansættelse. Den varslede ændring skal følges op med foretagelse af en ansættelse senest tre måneder efter varslingen. Hvis det har betydning for den skattepligtiges mulighed for at varetage sine interesser, at fristen forlænges, skal SKAT dog imødekomme en anmodning om en rimelig fristforlængelse.

Særlig undtagelse om kontrolbilagsændringer vedrørende 2002 og 2003 I bekendtgørelse nr. 9 af 9. januar 2006 er fastsat, at den korte frist i § 1, stk. 1, i bekendtgørelse nr. 1095 af 15. november 2005 ikke gælder for foretagelse og ændring af skatteansættelser for indkomstårene 2002 og 2003, hvis grundlaget herfor er baseret på kontrolbilag fra det daværende ToldSkats arbejdsgiver- eller indberetningskontrol.