I visse tilfælde skal ubenyttede indskud medregnes til kontohaverens indkomst.
 
Er etablering ikke sket senest ved udgangen af det indkomstår, hvori kontohaveren fylder 65 år, jf. ETBL § 8, medregnes indskudsbeløbet med et tillæg på 3 pct. for hvert år fra udløbet af det indkomstår, hvori indskuddet er fradraget, og indtil fristens udløb, i den skattepligtige indkomst for det indkomstår, hvori fristen er udløbet, se E.D.2.5. Til og med indkomståret 2001 udgør tillægget dog 5 pct. Beskatningen sker med satsen for sundhedsbidrag efter personskattelovens § 8 og med satserne for kommunal indkomstskat og kirkeskat for det indkomstår, hvor indskudsbeløbet mv. medregnes i den skattepligtige indkomst. For indskud fradraget til og med indkomståret 2001 anvendes dog satsen for indkomstskat efter PSL § 6, satsen for sundhedsbidrag efter personskattelovens § 8 og satserne for kommunal indkomstskat og kirkeskat, jf. ETBL § 9, stk. 3. (ETBL § 9, stk. 3 er ændret med virkning fra og med indkomståret 2007, jf. § 13, stk. 1 i lov nr. 514 af 7. juni 2006.)
 
Når etablering har fundet sted, skal indskud, der ikke har kunnet hæves efter ETBL § 7, inden 9 år efter udløbet af det indkomstår, hvori etablering har fundet sted, eller inden udgangen af det indkomstår, hvori kontohaveren fylder 67 år, medregnes til den skattepligtige indkomst for det indkomstår, hvori fristen er udløbet. Indskud medregnes med tillæg af 3 pct. for hvert år fra udløbet af det indkomstår, hvori indskuddet er fradraget og indtil fristens udløb. For indskud foretaget inden etablering medregnes dog først tillæg fra og med det tredje indkomstår efter etableringsåret, jf. ETBL § 10, stk. 1. Indskudsbeløbene kan hæves inden udløbet af fristen i stk. 1. I så fald medregnes beløbet med tillæg af 3 pct. for hvert år fra udløbet af det indkomstår, hvori indskuddet er fradraget, og indtil udløbet af det indkomstår, hvori indskuddet hæves i den skattepligtige indkomst for det indkomstår, hvori beløbet er hævet. For indskud foretaget inden etablering medregnes dog først tillæg fra og med det andet indkomstår efter etableringsåret, ETBL § 10, stk.2.

Ved lov nr. 521 af 17. juni 2008 er ETBL § 11 stk. 1 ændret, således at konkurssituationen ikke længere er omfattet. Ændringen har virkning fra den 1. juli 2008.   
 
I tilfælde af kontohavers død eller konkurs medregnes ikke hævede indskud med tillæg af 3 pct. for hvert år fra udløbet af de indkomstår, hvori indskuddene er fradraget, og indtil udløbet af døds- eller konkursåret i den skattepligtige indkomst i døds- eller konkursåret. Til og med indkomståret 2001 udgør tillægget dog 5 pct. jf. ETBL § 11, stk. 1. Efterbeskatningen sker i henhold til ETBL § 9, stk. 3.

Efter ETBL § 11, stk. 4, skal der ikke ske efterbeskatning efter reglerne i ETBL § 11, stk. 1, ved kontohaverens død i de tilfælde, hvor indskud på etableringskonto overtages af den efterlevende ægtefælle i henhold til dødsboskattelovens (DBSL) regler herom. En efterlevende ægtefælle, i et skiftet bo kan overtage afdødes indskud på etableringskonto på de for afdøde gældende betingelser i henhold til DBSL § 43, stk. 3. En efterlevende ægtefælle, der sidder i uskiftet bo, indtræder som udgangspunkt i afdødes skattemæssige stiling med hensyn til aktiver og passiver, der har tilhørt afdøde, jf. DBSL § 59, stk. 1. Den efterlevende ægtefælle har dog mulighed for at vælge ikke at indtræde i afdødes skattemæssige stilling med hensyn til afdødes indskud på etableringskonto, jf. DBSL § 59, stk. 2, nr. 3. Der skal endvidere ikke ske efterbeskatning efter ETBL § 11, stk. 1, hvis den efterlevende ægtefælle ved boudlæg efter DBSL § 80 vælger at overtage afdødes indskud på etableringskonto på de for afdøde gældende betingelser.
 
Hvis kontohaverens skattepligt efter KSL § 1 ophører, skal der ske efterbeskatning, jf. ETBL § 11, stk. 2. Har etablering fundet sted, skal der dog ikke foretages efterbeskatning, så længe kontohaveren er skattepligtig efter KSL § 2, stk. 1, nr. 4, af indkomsten fra virksomheden. Der skal heller ikke ske efterbeskatning, såfremt kontohaveren inden 2 år efter skattepligtens ophør på ny bliver skattepligtig her i landet efter KSL § 1. Udsættelse med efterbeskatningen kan dog ikke indrømmes for tiden efter udløbet af fristen for etablering, jf. ETBL § 8.

Samtlige indskud på etableringskonto kan hæves inden udløbet af den frist, der er nævnt i ETBL § 8, selv om etablering ikke er sket, jf. ETBL § 9, stk. 2. I så fald medregnes indskudsbeløbet med tillæg af 3 pct. for hvert år fra udløbet af det indkomstår, hvori indskuddet er fradraget, og indtil udløbet af det indkomstår, hvori indskuddet hæves, i den skattepligtige indkomst for det indkomstår, hvori beløbet er hævet. Til og med indkomståret 2001 udgør tillægget dog 5 pct. Efterbeskatningen sker med satsen for sundhedsbidrag efter personskattelovens § 8 og med satserne for kommunal indkomstskat og kirkeskat, hvor indskudsbeløbet mv. medregnes i den skattepligtige indkomst. For indskud fradraget til og med indkomståret 2001 anvendes dog satsen for indkomstskat efter PSL § 6, satsen for sundhedsbidrag efter personskattelovens § 8 og satserne for kommunal indkomstskat og kirkeskat, jf. ETBL § 9, stk. 3. (ETBL § 9, stk. 3 er ændret med virkning fra og med indkomståret 2007, jf. § 13, stk. 1 i lov nr. 514 af 7. juni 2006.)