Af SEL § 31, stk. 4, 1. - 6. pkt., fremgår, at ved national sambeskatning udpeges det øverste moderselskab, der deltager i sambeskatningen, som administrationsselskab i sambeskatningen,jf. hertil også SKM2006.105.SR. Findes der ikke et dansk skattepligtigt øverste moderselskab, men flere sideordnede dansk skattepligtige søsterselskaber, udpeges et af søsterselskaberne, der deltager i sambeskatningen, som administrationsselskab. Såfremt administrationsselskabet ikke længere indgår i koncernen, eller såfremt et andet selskab bliver øverste danske moderselskab, skal der udpeges et nyt administrationsselskab. Administrationsselskabets rettigheder og forpligtelser overføres til det nye administrationsselskab. Det tidligere administrationsselskab skal forpligte sig til betaling af et beløb svarende til de forpligtelser, der overføres til det nye administrationsselskab. Betaling som nævnt i SEL § 31, stk. 4, 5. pkt., har ingen skattemæsssige konsekvenser for betaleren eller modtageren.

Videre fremgår det af SEL § 31, stk. 4, 7. - 11. pkt., at administrationsselskabet forestår indbetalingen af den samlede indkomstskat. Dette gælder også restskat, tillæg og renter. SKAT kan med frigørende virkning udbetale overskydende skat og godtgørelse til administrationsselskabet. Hvert enkelt sambeskattet selskab hæfter kun for den del af indkomstskatten, acontoskatten og restskatten samt tillæg og renter, der vedrører den del af indkomsten, som fordeles til selskabet. Når administrationsselskabet modtager betaling efter SEL § 31, stk. 6, til betaling af indkomstskatten m.v., overtager administrationsselskabet hæftelsen herfor.

Ingen af de sambeskattede selskaber i national sambeskatning hæfter således for mere end skatten af selskabets egen indkomst. Administrationsselskabet overtager dog hæftelsen med hensyn til indkomstskatten vedrørende andre selskaber fra og med det tidspunkt, hvor disse andre selskaber betaler skatten til administrationsselskabet efter bestemmelsen i SEL § 31, stk. 6, se nedenfor. Administrationsselskabet skal  forestå indbetalingen af den samlede indkomstskat af sambeskatningsindkomsten, men administrationsselskabet hæfter først for skatten af indkomst i andre selskaber fra og med det tidspunkt, hvor administrationsselskabet modtager skatten fra de andre sambeskattede selskaber. Indtil dette tidspunkt hæfter de andre sambeskattede selskaber selv for skatten, og skatten kan ikke inddrives hos administrationsselskabet. Ved betalingen af skatten til administrationsselskabet frigøres de andre sambeskattede selskaber for deres hæftelse. Administrationsselskabet forestår tillige indbetalingen af acontoskatten. Her er det ligeledes det enkelte selskab, der hæfter for betalingen af acontoskatten, indtil selskabet har indbetalt acontoskatten til administrationsselskabet. Størrelsen af det enkelte selskabs acontoskattehæftelse baseres på et skøn over den forventede indkomst i det pågældende selskab. Skønnet baseres som udgangspunkt på gennemsnittet af de senest 3 indkomstårs indkomstskat for det enkelte selskab.

Af bestemmelsen i SEL § 31, stk. 6, fremgår endvidere, at ved udnyttelse af underskud i danske selskaber og faste driftssteder i Danmark skal administrationsselskabet forpligte sig til betaling til underskudsselskabet af et beløb svarende til den i § 17, stk. 1, nævnte procent (skatteværdien) af det udnyttede underskud senest på dagen for rettidig skattebetaling efter § 30. Danske selskaber og faste driftssteder i Danmark, som udnytter underskud i danske selskaber eller faste driftssteder i Danmark, skal forpligte sig til betaling til administrationsselskabet af et beløb svarende til skatteværdien af underskudsudnyttelsen. Betalingsforpligtelserne efter 1. og 2. pkt. kan undlades, hvis et andet koncernselskab, jf. § 31 C, betaler underskudsselskabet for underskudsudnyttelsen. Det er en betingelse, at dette andet koncernselskab uden beskatning, jf. § 31 D, kan yde tilskud til det selskab, der udnytter underskuddet. Danske selskaber og faste driftssteder i Danmark, hvis indkomstskat betales af administrationsselskabet, skal forpligte sig til betaling til administrationsselskabet af et beløb svarende til den betalte indkomstskat. Betalingerne som nævnt i dette stykke har ingen skattemæssige konsekvenser for betaleren eller modtageren.

Det er blevet præciseret, at administrationsselskabet i en national sambeskatning ved udnyttelse af underskud i udenlandske selskabers faste driftssteder i Danmark skal forpligte sig til at betale underskudsselskabet for underskudsudnyttelsen. Betalingen skal svare til skatteværdien af underskuddet. Det fremgår allerede af bestemmelsens ordlyd, at dette krav gælder ved udnyttelse af underskud i danske selskaber.

Administrationsselskabet kan undlade betalingsforpligtelsen, hvis underskudsselskabet kompenseres for underskudsudnyttelsen af et andet koncernselskab, jf. selskabsskattelovens § 31 C. Selskabet, som udnytter underskuddet, kan i givet fald ligeledes undlade betalingsforpligtelsen efter selskabsskattelovens § 31, stk. 6, 2. pkt., overfor administrationsselskabet. 

Ændringen af § 31, stk. 6, har virkning for indkomstår, der påbegyndes den 1. januar 2007 eller senere.

Det fremgår af SEL § 31, stk. 4, at administrationsselskabet skal betale hele indkomstskatten for danske selskaber samt faste driftssteder og ejendomme i Danmark, også i de tilfælde hvor det danske selskab ikke ejes fuldt ud. Indgår et dansk selskab eller et fast driftssted eller en fast ejendom ikke i sambeskatningen i hele indkomståret, skal administrationsselskabet dog kun betale indkomstskatten for den del af indkomståret, hvor selskabet/driftsstedet/ejendommen indgår i sambeskatningen. Selskabet/driftsstedet/ejendommen betaler selv skatten for den resterende del af indkomståret. Eftersom administrationsselskabet således betaler hele indkomstskatten, dvs. også den del, der kan siges at vedrøre minoritetsaktionærernes andel af de andre selskaber, skal de danske selskaber samt faste driftssteder og faste ejendomme i Danmark forpligte sig til betaling af et beløb svarende til den betalte indkomstskat til administrationsselskabet. Betalingen har ingen skattemæssige konsekvenser for hverken betaleren eller modtageren. 

Af hensyn til eventuelle minoritetsaktionærer og kreditorer i de underskudsgivende danske selskaber skal administrationsselskabet ved udnyttelse af underskud i danske selskaber forpligte sig til betaling af et beløb til underskudsselskabet svarende til skatteværdien (pt. 25 pct. - ved lov nr. 540 af 06/06/2007, som trådte i kraft den 1. juli 2007, er selskabsskatteprocenten nedsat til 25 pct. med virkning for indkomståret 2007) af det udnyttede underskud. Dette skal ske senest på tidspunktet for rettidig skattebetaling efter SEL § 30. Eftersom det ikke er administrationsselskabet, der har gavn af underskudsudnyttelsen, skal det danske selskab, som udnytter underskud, refundere betalingen over for administrationsselskabet. Disse betalinger har heller ingen skattemæssige konsekvenser for betaleren eller modtageren.

Det er betaling af de pågældende beløb, der ingen skattemæssige konsekvenser har. Betales beløbet ikke senest på tidspunktet for rettidig skattebetaling efter SEL § 30, vil beløbet skule forrentes på markedsvilkår i overensstemmelse med armslængde-princippet. Renterne vil være fradragsberettigede for betaleren og skattepligtige for modtageren.

I SKM2006.772.SR bekræfter Skatterådet, at en koncern kan etablere mellemadministrationsselskaber, der skal styre de enkelte underkoncerners skatteafregninger i forhold til administrationsselskabet. Skatterådet kan endvidere bekræfte en fordelingsprocedure for rentetillæg og skattegodtgørelse, idet proceduren er fast og gældende for alle selskaber i koncernen og den ikke stiller et selskab ringere end, hvis det var et enkelt selskab uden for sambeskatningen. Skatterådet kan derimod ikke bekræfte en model, hvorefter underskud først kan fordeles inden for en underkoncern, da selskabsskattelovens § 31, stk. 2, foreskriver fuld fordeling mellem alle selskaber.