Skattestyrelsen og Energistyrelsen har til opgave at kontrollere om indtægter, der er omfattet af indtægtsloftet, angives og afregnes korrekt. Se ITL § 19.

Kontrollen vil kunne varetages af myndighederne i fællesskab, fx ved udgående kontroller, jf. ITL § 21, eller af de to kontrolmyndigheder hver for sig.

Baggrunden for, at begge myndigheder er tillagt kontrolbeføjelser, er, at begge myndigheder har afgørelseskompetence vedrørende indtægtsloftet. Skattestyrelsen kan udtage en producents angivelse til kontrol og træffe afgørelse om ændring af opgørelse af betaling på indtægterne, og Energistyrelsen kan træffe afgørelse om, hvorvidt en producents produktionsanlæg er omfattet af indtægtsloftet. Se ITL § 14 og § 15 henholdsvis. I det omfang Energistyrelsen træffer afgørelse om, at et produktionsanlæg er omfattet af indtægtsloftet, kan Skattestyrelsen følge op med kontrol af, at der sker efterfølgende angivelse. I det omfang der ikke sker korrekt angivelse, kan Skattestyrelsen træffe afgørelse om opgørelse af betalingen på indtægterne.