§ 2, stk. 2-4 henviser til SEL §§ 5 A, 5 B og 5 C om overgang fra en beskatningsform til en anden. Det bemærkes, at reglerne i SEL §§ 5 A, 5 B og 5 C, jf. § 2, stk. 2-5, kun finder anvendelse, hvor ændringen ikke medfører likvidation efterfulgt af en nystiftelse.    
Ved ændringer i en fond eller forening, som beskattes efter SEL § 1, stk. 1, nr. 1-2 a og 3 a-6, der bevirker, at fonden eller foreningen for fremtiden skal beskattes efter FBL's regler, finder SEL § 5 C, stk. 1, tilsvarende anvendelse. Herefter sker beskatning efter FBL's regler med virkning fra og med det indkomstår, der efterfølger det indkomstår, hvori ændringen finder sted. Dette kan f.eks. være tilfældet, såfremt aktivmassen for en fond omfattet af SEL § 1, stk. 1, nr. 6, stiger i værdi, således at værdien kommer op over 250.000 kr.    
SEL § 5 C, stk. 1 finder ligeledes tilsvarende anvendelse ved ændringer i en fond eller forening, som beskattes efter FBL, der bevirker, at fonden eller foreningen for fremtiden skal beskattes efter SEL § 1, stk. 1, nr. 1-2 a og 3 a-5, dvs. med aktieselskabsbeskatning. Beskatningen efter SEL's regler skal således ske med virkning fra og med det indkomstår, der efterfølger det indkomstår, hvori ændringen finder sted.    
Ved overgang fra beskatning efter FBL til beskatning efter SEL § 1, stk. 1, nr. 6 vil overgangen dog være omfattet af SEL § 5, således at der skal ske ophørsbeskatning. Der henvises til S.H.7.    
Ved ændringer, der bevirker overgang fra SEL § 1, stk. 1, nr. 1-2 a og 3 a-6 til beskatning efter FBL, succederer fonden m.v. i de anskaffelsessummer, anskaffelsestidspunkter og formål, hvortil formuegoderne oprindeligt var anskaffet, jf. SEL § 5 C, stk. 2. Der skal i den situation ikke ske ophørsbeskatning, jf. SEL § 5.    
SEL § 5 C, stk. 2 finder ligeledes anvendelse ved ændringer, der bevirker, at beskatning for fremtiden skal ske efter andre regler i FBL end hidtil. FBL §§ 16-21 B om afskrivningsgrundlaget finder tilsvarende anvendelse med hensyn til andre aktiver og passiver.  FBL § 21 C om opgørelse af gevinst/tab efter KGL finder også tilsvarende anvendelse. Desuden finder § 22 om femårsfristen til at benytte henlæggelser foretaget af en fond eller forening efter SEL § 3, stk. 3, tilsvarende anvendelse.    
Overgang fra beskatning efter FBL til beskatning efter SEL § 1, stk. 1, nr. 3, dvs. til andelsbeskatning, sidestilles med opløsning jf. henvisningen i § 2, stk. 3, til SEL § 5 A. I praksis vil en sådan overgang formentlig kun være relevant for faglige foreninger. Såfremt en fond eller forening overgår fra beskatning efter SEL § 1, stk. 1, nr. 3, til beskatning efter FBL finder SEL § 5 B, stk. 1, tilsvarende anvendelse. Beskatning efter FBL får således først virkning fra udløbet af det indkomstår, hvori ændringen er indtruffet. FBL  §§ 16-22 finder tilsvarende anvendelse.    
Da det bl.a. afhænger af aktivmassens værdi, om en fond er omfattet af FL eller ej, og dermed også om den er omfattet af FBL, kan den situation opstå, at fonden i princippet kan gå ud og ind af FBL flere gange inden for samme indkomstår afhængig af f.eks. kursudsvingene.    
Overgangsreglerne i SEL medfører dog, at fonden først vil indtræde eller genindtræde i FBL med virkning fra det efterfølgende indkomstår, jf. SEL § 5 C. Fonden vil således ikke opleve, at den skattemæssigt i løbet af året skiftevis vil være omfattet af henholdsvis FBL og SEL. Der vil endvidere kun kunne ske ophørsbeskatning i medfør af SEL § 5 én gang i løbet af indkomståret.    
Såfremt ledelsens sæde flyttes her til landet, og fonden derfor bliver skattepligtig jf. § 1, stk. 1, nr. 4, finder bestemmelsen i SEL § 4 A tilsvarende anvendelse. Aktiver og passiver, som ikke i forvejen er omfattet af dansk beskatning, anses efter § 4 A, stk. 1, for anskaffet på det faktiske anskaffelsestidspunkt til handelsværdien på tilflytningstidspunktet. For afskrivningsberettigede aktiver er der i SEL § 4 A, stk. 2, indsat særlige regler for fastsættelse af indgangsværdier. Afskrivningsberettigede aktiver anses for erhvervet på det faktiske anskaffelsestidspunkt til den faktiske anskaffelsessum, og de anses for afskrevet maksimalt efter danske regler indtil tilflytningstidspunktet. Ved beregningen af afskrivningerne indtil tilflytningstidspunktet anvendes de danske afskrivningsregler på dette tidspunkt. Der henvises endvidere til pkt. 3.2.1., 3.2.2. og pkt. 4 i skm. cirk. nr. 82 af 29. maj 1997 om international beskatning.    
Ophører skattepligten, fordi ledelsens sæde flyttes til udlandet, Grønland eller Færøerne finder bestemmelserne om opløsning, overgang til beskatning efter SEL § 1, stk. 1, nr. 6, eller undtagelse fra beskatning efter SEL § 3  og ophør af skattepligt i SEL § 5 tilsvarende anvendelse.