I SEL § 5 B gives overgangsregler for beskatning af foreninger, der hidtil har været kooperative virksomheder, jf. SEL § 1, stk. 1, nr. 3, samt § 1, stk. 2, og som følge af ændringer i de organisatoriske forhold for fremtiden er omfattet af andre af SEL´s skattepligtsbestemmelser. SEL § 5 B finder tilsvarende anvendelse ved overgang af skattepligt i medfør af SEL § 1, stk. 1, nr. 3, samt § 1, stk. 2, 2. pkt., til skattepligt i medfør af FBL § 1, jf. FBL § 2, stk. 4.
Her foreligger den omvendte situation af den, som er omtalt under S.B.3.1. Foreningen har hidtil baseret sin skattepligtige indkomst på en formueopgørelse, men skal i fremtiden beskattes af en indkomst, der opgøres med grundlag i et driftsregnskab.
Efter lovbestemmelsen får ændringer først virkning for selskabets eller foreningens mv. skattepligt fra udløbet af det pågældende indkomstår. ►Ved en sådan overgang finder reglerne i SEL § 35 K samt FBL §§ 16 - 19 tilsvarende anvendelse.
◄Efter SEL § 5 B vil andelsselskabet blive undergivet en særlig overgangsbeskatning. Der gøres således op med den formue, der er opsamlet under andelsbeskatningen. Bestemmelsen finder anvendelse, hvis der indtræder en sådan ændring, at et selskab eller en forening mv. overgår fra beskatning efter SEL § 1, stk. 1, nr. 3, til beskatning efter andre regler i § 1, bortset fra § 1, stk. 1, nr. 6.
. Ifølge FBL §  2, stk. 4 får en overgang fra beskatning efter SEL § 1, stk. 1, nr. 3 til beskatning efter FBL ligeledes først virkning fra udløbet af det pågældende indkomstår. I denne situation finder FBL §§ 16 - 22 ligeledes anvendelse.
Ved overgangen skal der ske en opgørelse af den formue, som er opsamlet i selskabet eller foreningen mv. under beskatningen efter SEL § 1, stk. 1, nr. 3 eller en tilsvarende beskatning. Beløbet opgøres som handelsværdien af selskabets eller foreningens aktiver og passiver ved overgangen fratrukket en evt. indbetalt andelskapital. Såfremt selskabet eller foreningen tidligere har været beskattet efter andre regler i SEL § 1, opgøres beløbet som differencen mellem handelsværdien af selskabets eller foreningens aktiver og passiver ved overgangen og handelsværdien ved indtræden af beskatning efter § 1, stk. 1, nr. 3, eller en tilsvarende beskatning. Fra handelsværdien fratrækkes en evt. indbetalt andelskapital. Beløbet skal angives ved selvangivelsen for overgangsåret.
Det opgjorte beløb er skattepligtig indkomst for selskabet eller foreningen mv. Beløbet beskattes med 50%, jf. SEL § 19, stk. 2. Da udlodningerne beskattes i selskabet, er de skattefri for modtagerne, jf. LL §§ 16 A og 16 B. Ifølge § 5 B, stk. 4, 2. og 3. pkt. indtræder beskatningen dog først i takt med, at selskabet eller foreningen efter overgangen foretager udlodninger som nævnt i LL § 16 A, foretager udlodning af likvidationsprovenu i det kalenderår, hvori selskabet eller foreningen mv. endeligt opløses, eller betaler for erhvervelse af egne udstedte andelsbeviser. Udlodninger mv., der foretages efter overgangen, anses i første række at hidrøre fra det opgjorte beløb.
Ved selvangivelsen skal selskabet eller foreningen mv. give oplysning om den del af beløbet, der endnu ikke er beskattet.
Det er ikke muligt at modregne efterfølgende underskud i aktieselskabet i det beløb, der skal overgangsbeskattes.
Ved en senere overgang som nævnt i SEL § 5 A ophører beskatningen af det opgjorte beløb. Beskatningen af den resterende del af beløbet indtræder dog på ny, såfremt der senere sker overgang efter § 5 B, en fusion som nævnt i FUL § 12, stk. 1, nr. 3 eller en omdannelse som nævnt i FUL § 14 e. (se herom S.D.1.5. og S.D.1.12.)
Det påhviler bestyrelsen for foreningen, der beskattes efter § 1, stk. 1, nr. 3, samtidig med indgivelsen af selvangivelsen at oplyse de ændringer, der i regnskabsåret er sket i foreningens virksomhed eller i dens vedtægtsbestemmelser om formål, overskudsdeling eller opløsning, ligesom bestyrelsen skal oplyse, såfremt foreningens omsætning med ikke-medlemmer udgør mere end 25% af den samlede omsætning.
De ovenfor i nærværende afsnit anførte regler om i hvilken takt det opgjorte beløb beskattes (§ 5 B, stk. 4, 2. og 3. pkt.) finder ikke anvendelse, i det omfang en forening omfattet af SEL § 1, stk. 1, nr. 4, foretager udlodninger som nævnt i LL § 16 A,  som ikke overstiger foreningens skattepligtige indkomst efter skat i det forudgående indkomstår. Det vil i disse tilfælde sige, at der ikke sker nogen beskatning af foreningen. Foretages udlodninger derudover eller andre udlodninger end nævnt i LL § 16 A, foretages en beskatning  af disse foreninger efter SEL  § 5 B, stk. 4, 2. og 3. pkt. - det vil sige beskatning af foreningen med 50%. Det påhviler bestyrelsen for en forening, der beskattes efter SEL § 1, stk. 1, nr. 4, samtidig med indgivelsen af selvangivelsen at oplyse, i hvilket omfang foretagne udlodninger skal eller ikke skal beskattes.
Der skal ved en ændring som nævnt i SEL § 5 B, stk. 1 ske en opgørelse  af den formue, som er opsamlet i selskabet eller foreningen mv. under beskatningen efter SEL § 1, stk. 1, nr. 3, eller efter stk. 2, eller en tilsvarende beskatning. Beløbet opgøres og beskattes på samme måde som efter bestemmelsen i § 5 B, jf. ovenfor.
Fra og med det første indkomstår, hvor de ændrede skattepligtsforhold har virkning (overgangsåret), kan foreningen med virkning for indkomstopgørelsen anvende de almindelige gældende regler om afskrivninger, varelagernedskrivning mv.