Toldmyndighederne kan få brug for at verificere, om de fremlagte oprindelsesbeviser er ægte. Hvis varerne er kommet ind til præferencetold, og det efterfølgende viser sig ved en verifikation, at certifikatet ikke er ægte, vil den fulde told blive opkrævet hos importøren. Alle oprindelsesprotokoller indeholder bestemmelser om administrativt samarbejder og regler for verifikation.
Verifikation af oprindelsesbeviser kan foretages af toldmyndighederne ved:
Når toldmyndighederne i EU anmoder om verifikation, tilbagesender de oprindelsesbeviset og fakturaen (hvis denne er blevet forelagt), fakturaerklæringen eller en kopi af disse dokumenter, til de kompetente statslige myndigheder i eksportlandet, med angivelse af årsagerne til, hvorfor der anmodes om kontrol.
Samtlige dokumenter og oplysninger, som toldmyndighederne er kommet i besiddelse af, og som tyder på, at angivelserne i oprindelsesbeviset er ukorrekte, fremsendes til eksportlandet som støtte for anmodningen om verifikation. I de tilfælde hvor et oprindelsesbevis er sendt il verifikation med begrundet tvivl, er der i de fleste oprindelsesprotokoller en frist for, hvornår toldmyndighederne kan forvente at få et svar på deres anmodning. Denne frist er som regel på 10 måneder. Dvs. hvis der ikke foreligger et svar indenfor 10 måneder regnet fra datoen for anmodning om kontrol, eller hvis svaret ikke indeholder tilstrækkelige oplysninger til at fastslå de pågældende dokumenters ægthed eller produkternes virkelige oprindelse, så afslår toldmyndighederne at indrømme præferencebehandling, med mindre der foreligger ekstraordinære omstændigheder. Dette betyder, at importøren vil blive efteropkrævet den tarifmæssig told for varerne.
Der stilles krav til eksportørerne om, at opbevare alle relevante dokumenter, som beviser, at de pågældende produkter har oprindelsesstatus. De kompetente myndigheder i eksportlandet, skal opbevare kopier af oprindelsesbeviserne samt eventuelle eksportdokumenter. Disse dokumenter skal typisk opbevares i 3 år.
EU Domstolen har i sag C-386/08 Brita GmbH taget stilling til spørgsmålet, om indførselsstatens toldmyndigheder er bundet af svaret fra udførselsstatens toldmyndigheder. Domstolen slår fast, at fastlæggelsen af en varers oprindelse er baseret på en kompetencefordeling mellem toldmyndighederne hos frihandelsaftalens parter, og derved at varernes oprindelse fastlægges af udførselsstatens myndigheder. Det er udførselsstaten, som bedst kan vurdere rigtigheden af de faktiske omstændigheder, der er afgørende for varernes oprindelse. Et sådant system kan kun fungere, hvis toldmyndighederne i indførselsstaten lægger de afgørelser til grund, der lovligt er truffet af myndighederne i udførselsstaten. Se præmis 61 og 62.