Hvis foretagne nedskrivninger, afhændelse af aktiver eller aktivers overgang til anden anvendelse bevirker, at de særlige overgangssaldi bliver negative, vil dette beløb komme til beskatning hos rederiet, medmindre de negative overgangssaldi modsvares af positive udligningssaldi. Modsvares negative overgangssaldi kun delvis af positive udligningssaldi, kommer forskelsbeløbet til beskatning. Ved at udligne negative overgangssaldi med positive udligningssaldi opnås, at beskatning af avancer og genvundne afskrivninger kun kommer til betaling, hvis rederivirksomheden reduceres i forhold til niveau´et på det tidspunkt, rederiet blev omfattet af tonnagebeskatningen. I SKM2007.320.SR drejede sagen sig om, hvorvidt en negativ overgangssaldo, som er opstået i forbindelse med salg af et tonnagebeskattet selskabs skib kan udlignes/modsvares med en overgangs-/udligningssaldo ved en skattefri fusion med et andet tonnagebeskattet selskab. Skatterådet bekræftede, at dette er muligt, idet der succederes efter fusionskatteloven. Det er dog en forudsætning, at den skattefrie fusion foretages med tilbagevirkende kraft, idet man ellers ville anse virksomheden for ophørt.

Reglerne kan illustreres med følgende eksempel:

Et rederi, som er omfattet af tonnageskatteordningen, afhænder den tonnage, som har været afskrevet efter de almindelige regler før overgang til tonnagebeskatning, og som derfor er omfattet af en overgangssaldo. Rederiet får herefter en negativ overgangssaldo for skibe på 1000. Hvis rederiet ikke har erhvervet ny tonnage til erstatning for den afhændede, vil den negative overgangssaldo komme til beskatning (udskudte skatter på de afhændede skibe). Under de almindelige skatteregler ville en tilsvarende negativ afskrivningssaldo på samme måde udløse beskatning af genvundne afskrivninger (udskudte skatter).

Imidlertid har rederiet i eksemplet erhvervet ny tonnage efter overgang til tonnagebeskatning og har herefter en positiv udligningssaldo på 1.100. Den negative overgangssaldo på 1.000 udlignes fuldt ud af den positive udligningssaldo, og der sker ingen beskatning.

I det følgende år hverken afhænder eller erhverver rederiet tonnage, og rederiet skal også i dette år foretage en nedskrivning af sine saldi. Overgangssaldoen kan ikke nedskrives, da den allerede er negativ. Udligningssaldoen skal i princippet nedskrives med 12 pct. af 1.100 = 132, hvorefter den bliver 968. En sådan nedskrivning ville dog bevirke, at negativ overgangssaldo ikke længere kunne modsvares af positiv udligningssaldo. Forskellen på 32 ville komme til beskatning, selv om rederivirksomheden i det pågældende år ikke er blevet reduceret.

Formålet med regelsættet er som tidligere nævnt at sikre, at udskudte skatter kun kommer til betaling i det omfang, at der sker en reduktion i rederivirksomheden. Der skal derfor i de tilfælde, hvor en negativ overgangssaldo modsvares af en positiv udligningssaldo, alene foretages en nedskrivning af udligningssaldoen på grundlag af nettobeløbet.

I eksemplet vil dette bevirke, at udligningssaldoen kun skal nedskrives med 12 (12 pct. af forskellen mellem en positiv udligningssaldo på 1.100 og en negativ overgangssaldo på 1.000). Udligningssaldoen vil efter nedskrivningen være 1.088, og der kommer ikke noget til beskatning.

Ved anvendelsen af de bestemmelser, der her er beskrevet, sidestilles indgåelse af bindende kontrakt om nybygget tonnage med erhvervelse af skib, når kontrakten indgås senest ved udgangen af det følgende indkomstår, og skibene efter kontrakten skal leveres inden for en periode på tre år. Udgangen af det følgende indkomstår er valgt som skæringstidspunkt, fordi det først i løbet af dette år i forbindelse med udarbejdelse af selvangivelse vil kunne konstateres, at der er en negativ nettosaldo, som vil kunne komme til beskatning. Det er samtidig en betingelse, at den nybyggede tonnage anvendes under tonnageskatteordningen, således at der ikke vil kunne afskrives på den efter de almindelige regler.

Det er således muligt for rederierne at undgå beskatning af genvundne afskrivninger på afhændede skibe, hvis der erhverves ny tonnage i stedet for den afhændede. Reglerne sikrer derimod beskatning af genvundne afskrivninger på aktiver, som har været omfattet af de almindelige afskrivningsregler, hvis rederiet reducerer eller måske helt afvikler sin virksomhed.

Opstår der negative overgangssaldi, som kan modsvares af positive udligningssaldi, vil disse negative overgangssaldi blive stående og komme til beskatning på det tidspunkt, hvor de ikke længere kan modsvares af positive udligningssaldi.

Hvis rederiet efter overgang til tonnagebeskatning overfører skibe eller andre driftsmidler fra anden anvendelse til hel eller delvis anvendelse under tonnageskatteordningen, foretages samme opdeling af de eksisterende saldi efter afskrivningsloven som ved overgang fra almindelig beskatning til tonnagebeskatning.

Hvis skibe eller andre driftsmidler overføres fra hel eller delvis anvendelse under tonnageskatteordningen til anden anvendelse, anses aktiverne for maksimalt afskrevet efter afskrivningslovens bestemmelser. Beløbet fragår overgangssaldi eller udligningssaldi, hvis aktiverne er omfattet af sådanne saldi, og tilgår rederiets saldi efter afskrivningsloven.

Hvis et nyt rederi etableres, og rederiet fra begyndelsen bliver omfattet af tonnageskatteordningen, vil der i sagens natur ikke have været foretaget afskrivninger på skibe og andre driftsmidler af rederiet, og der er ikke grundlag for at opgøre overgangssaldi. Et sådant rederi skal derfor som udgangspunkt heller ikke opgøre udligningssaldi.

Det kan forekomme, at et sådant nyetableret rederi foruden den tonnagebeskattede rederivirksomhed også driver virksomhed, som ikke kan omfattes af tonnagebeskatningen. De skibe og andre driftsmidler, som ikke omfattes af tonnagebeskatningen, vil således kunne afskrives efter de almindelige regler. Overgår sådanne skibe eller andre driftsmidler fra anden anvendelse til hel eller delvis anvendelse under tonnageskatteordningen, vil situationen være den samme, som hvis et eksisterende rederi overgår fra beskatning efter de almindelige regler til tonnagebeskatning. Der vil i begge tilfælde være tale om, at skibe og driftsmidler, hvorpå der hviler en latent skattebyrde, føres ind i tonnageskatteordningen.

Et sådant rederi skal derfor forholde sig på samme måde, som hvis et eksisterende rederi går ind i tonnageskatteordningen. Der skal således opgøres overgangssaldi for de aktiver, der føres ind i tonnageskatteordningen. Der skal også opgøres udligningssaldi, men kun for de aktiver, der erhverves efter at de førnævnte aktiver er overført fra anden anvendelse til anvendelse under tonnageskatteordningen. Dette skyldes, at aktiver, der har været afskrevet på, i tonnageskatteordningen kun skal kunne "modregnes" mod nyerhvervede aktiver og ikke mod allerede erhvervede aktiver.