Da der ikke kan foretages fradrag for renteudgifter ved indkomstopgørelsen efter tonnageskatteordningen vil der således være et incitament til at have så stor en egenkapital som muligt i et selskab, der driver rederivirksomhed, og til at placere finansieringsudgifter andre steder, hvor sådanne udgifter kan føres til fradrag. Der er derfor indsat en værnsregel mod overkapitalisering af selskaber, der anvender tonnageskatteordningen.

Der er derfor i tonnageskattelovens § 14 fastsat et mindsteforhold på 2:1 mellem egenkapital og fremmedkapital i tonnagebeskattede rederier. Der er intet til hinder for, at et rederi har en egenkapital, som er større i forhold til fremmedkapitalen end det nævnte forhold, men i så fald skal der beregnes en rente af den overskydende egenkapital, og denne rente skal beskattes. Rentesatsen vil være den afkastsats, der er nævnt i virksomhedsskattelovens § 9. Denne afkastsats opgøres årligt og er for indkomståret 2006 opgjort til 4 pct.

Denne rentekorrektion fragår ved opgørelsen af rederiets nettofinansudgifter eller nettofinansindtægter, jf. afsnit S.C.8.4.3.

Tonnageskattelovens § 14 er ophævet ved lov nr. 539 af 5. juni 2007. Lovændringen har virkning for nettofinansieringsudgifter, der vedrører perioden fra og med den 1. juli og 2007, men da ændringen skal notificeres hos EU-Kommissionen, fastsættes tidspunktet for lovændringens ikrafttræden af skatteministeren hvilket endnu ikke er sket.