Som nævnt i tonnageskattelovens § 6, stk. 1 vil indkomst ved erhvervsmæssig transport af passagerer eller gods mellem forskellige destinationer kunne omfattes af tonnageskatteordningen. Desuden kan visse former for virksomhed i nær tilknytning hertil omfattes, jf. tonnageskattelovens § 10, stk. 2.
Indkomst ved al anden virksomhed falder uden for tonnageskatteordningens anvendelsesområde og skal således beskattes efter skattelovgivningens almindelige regler. Det samme gælder indkomst ved anvendelse af lejede skibe i det omfang, at den anvendte lejede tonnage er større end fire gange egentonnagen, jf. tonnageskattelovens § 7.
I tonnageskattelovens § 8, stk. 1 er en række former for virksomhed opregnet, som falder uden for tonnageskatteordningens anvendelsesområde, uanset om den pågældende form for virksomhed udøves fra skib, som i anden sammenhæng ville kunne anvendes til tonnagebeskattet virksomhed Det drejer sig om følgende former for virksomhed:
- Forundersøgelser, efterforskning eller udvinding af kulbrinter eller andre naturforekomster. Dog kan egentlig transportvirksomhed omfattes, f.eks. forsyningssejlads med personer eller materiel fra havn til installationer på kontinentalsoklen eller omvendt og transport af olieprodukter mv. fra kontinentalsoklen til installationer på land. Også opgaver i forbindelse med ankerhåndtering mv. samt redningsopgaver kan omfattes, jf. skatteministerens bemærkninger til lovforslagets § 8.
- Fiskeri og forarbejdningsvirksomhed.
- Bygning og reparation af havne, moler, broer, olieinstallationer, vindmølleparker eller andre havanlæg, nedlægning af rørledninger på havbunden, opmudring, stenfiskeri, sandsugning eller lignende virksomhed.
- Dykkervirksomhed.
- Lodsning, når skibene anvendes i og omkring havne.
- Bugsering m.v. Dette gælder dog ikke i tilfælde, hvor skibet udfører bugser- og bjærgningsaktiviteter til søs i mindst 50 pct. af den tid, skibet i løbet af et indkomstår er i drift. Det er en betingelse, at skibet er registreret i en stat, der er medlem af EU eller EØS. Ved anvendelsen af 2. pkt. fordeles ventetid forholdsmæssigt mellem den tid, der er medgået til bugser- og bjærgningsaktiviteter til søs, og den tid, der er anvendt til andre aktiviteter. Bugseringsaktiviteter m.v., der udføres i eller omkring havne, eller som består i at bistå fartøjer med egen fremdrift med at lægge til i havn, anses ikke for at være foregået til søs.
- Passagersejlads i eller over havneløb m.v.
- Uddannelsesaktiviteter, sociale og pædagogiske aktiviteter m.v.
- Museumsaktiviteter og skibsbevaring.
- Sports-, udflugts- og fritidsformål. Dette omfatter sejlads, som ikke kan begrundes med et egentligt trafikbehov, uanset om sejladsen foregår efter faste sejlplaner. Bestemmelsen omfatter også sejlads med repræsentative formål mv., jf. skatteministerens bemærkninger til lovforslagets § 8.
- Anvendelse af permanent opankrede skibe, uanset formål.