Hvis virksomhedens regnskaber ikke kan anses for egnede som grundlag for en nøjagtig opgørelse af momstilsvaret, kan told- og skatteforvaltningen foretage en skønsmæssig ansættelse af momstilsvaret. Virksomhedens regnskaber anses i denne forbindelse også at omfatte bilag mv.

Tilsvarende gælder, hvis en virksomhed har modtaget et for stort beløb som godtgørelse og størrelsen af det beløb, som virksomheden derfor skal tilbagebetale, ikke kan opgøres på grundlag af virksomhedens regnskaber.Told- og skatteregionerne er bemyndiget til at foretage den skønsmæssige ansættelse. Ansættelsen omfatter virksomhedens samlede momstilsvar for den pågældende periode og ikke kun det for lidt angivne momstilsvar. Efterbetalingskravet vil blive opgjort som forskellen mellem det skønsmæssigt opgjorte momstilsvar og det allerede angivne.

Virksomheden bliver skriftligt indkaldt til et møde på regionen om den skønsmæssige ansættelse. Der foretages dog ansættelse, selv om virksomheden ikke giver møde. Ansættelsen meddeles virksomhedens ansvarlige ledelse i anbefalet brev.

Spørgsmål om skønsmæssig ansættelse kan påklages til Landsskatteretten, jf. skatteforvaltningslovens kap. 16.

Følgende afgørelser kan nævnes til illustration af, hvorledes told- og skatteforvaltningen anvender reglerne om skønsmæssig ansættelse af momstilsvaret:

Domme:

• Højesterets dom af 5. april 1977 (refereret i UfR 1977.422): Frugt- og grøntforretning - pligt for virksomhederne til hyppige og effektive kasseafstemninger.
• Vestre Landsrets dom af 19. oktober 1979 (refereret i UfR 1980.231): Byggevirksomhed - afsmittende virkning mellem ægtefæller.
• Østre Landsrets dom af 15. oktober 1987 (TfS 1987, 636): Restaurationsvirksomhed - løbende tilintetgørelse af underbilag.
• Østre Landsrets dom af 15. februar 1991 (TfS 1991, 113): Restaurationsvirksomhed - stort omfang af udskænkning uden beregning.
• Østre Landsrets dom af 27. januar 1999 (TfS 1999, 269): Restaurationsvirksomhed - omsætningsberegning ud fra varekøbsbilag og salgspriser. Kassestrimler stemmer ikke med bogføring.
• Østre Landsrets dom af 19. februar 2001 (TfS 2001, 311): Renovation- og jordbrugs virksomhed og cafeteria virksomhed - drift af virksomhed i andens navn - proforma ejerskab.
• Vestre Landsret dom af 10. august 1999 (TfS 1999, 868): Pizzaria - skønnet omsætning ud fra indkøb af emballage og gennemsnitlig bruttoavance i branchen. Mangelfuldt regnskabsmateriale.
•  Østre Landsret dom af 12. september 2003 (refereret i TfS 2003-782): Pizzeria - skønsmæssig ansættelse af momstilsvaret opgjort på grundlag af vareforbrug. Privatforbruget var i sådan en situation uden relevans.
• Østre Landsret dom af 27. august 2003 (SKM2003.407.ØLR): skønsmæssig ansættelse af momstilsvaret opgjort på grundlag af vareindkøb og vareforbrug. Angivelig låneoptagelse og privatforbrug var i sådan en situation uden relevans.
• Vestre Landsret dom af 10. december 2003 (SKM2004.5.VLR): Skønsmæssig ansættelse af en restaurant opgjort på grundlag af vareforbrug - ejeres privatforbrug var uden relevans.
• Østre Landsret dom af 11. april 2003 (SKM2003.312.ØLR): Skønsmæssig ansættelse, regnskabsgrundlag, kassebog - Landsretten stadfæstet told- og skattemyndighedernes skøn.
• Østre Landsret dom af 1. maj 2003 (SKM2003.208.ØLR): Kioskejer, skønsmæssig, ansættelse, pengeoverførsler, Pakistan, lån.
• Vestre Landsret dom af 31. marts 2003 (SKM2003.191.VLR): Skønsmæssig ansættelse, pizzeria - opgjort på grundlag af vareforbrug 

Afgørelser fra det tidligere Momsnævn:

• 688/80: Byggevirksomhed - anvendelse af kalkulationstillæg på 6% på byggematerialer og 35% på lønudgifter.
• 726/80: Købmand - mangelfuld regnskabsførelse - lav avance.
• 765/81: Byggevirksomhed - tilsidesættelse af mangelfuldt regnskabsmateriale.
• 869/84: Restaurationsvirksomhed - differencer mellem købte og solgte genstande, spiritus mv.
• 870/84: Restaurationsvirksomhed - mangelfuld bogføring - misforhold mellem køb og salg.
• 915/85: Kioskvirksomhed - lav bruttoavance.
• 944/86: Landbrugsvirksomhed - udeholdt omsætning.
• 945/86: Handelsvirksomhed - handel med tv-apparater - uregistreret virksomhed - usikkerhed om omfanget af omsætningen.
• 946/86: Byggevirksomhed -  manglende regnskab - anvendelse af skattevæsenets foretagne skønsmæssige ansættelser.
• 988/87: Malervirksomhed - manglende bogføring af omsætning - beregning baseret på procenttallet af de konstaterede udeholdelser i forhold til den bogførte omsætning.
• 989/87: Brugtvognsvirksomhed - uregistreret virksomhed - suspension af forældelsesfristen efter 1908-loven.
• 990/87: Landbrugsvirksomhed - udeholdt omsætning - dødelighedsprocent.