Sagsbehandlingen vedrørende de fire typer skattefri omstrukturering - fusion, spaltning, tilførsel af aktiver og aktieombytning - er som udgangspunkt placeret i følgende fem kompetencecentre:  

• Skattecenter Aalborg, der dækker Nordjylland
• Skattecenter Århus, der dækker Midtjylland
• Skattecenter Esbjerg, der dækker Sydjylland og Fyn
• Skattecenter Korsør, der dækker Midt-, Vest- og Sydsjælland
• Skattecenter København, der dækker Nordsjælland og København

Hvor flere selskaber hjemmehørende ved forskellige kompetencecentre ønsker at fusionerer, indsendes anmodningen til det kompetencecenter, hvor det i økonomisk henseende mest betydende selskab er hjemmehørende. Det lokale kompetencecenter, som behandler sagen, foretager høring af de relevante kompetencecentre og udarbejder sagsfremstilling.

Dette gælder dog ikke følgende sager, der bliver behandlet i Koncernbeskatningskontoret, Center for Store Selskaber, Østbanegade 123, 2100 København Ø:

• Principielle sager og sager, hvor der endnu ikke er skabt praksis
• Storkundesager - herunder børsnoterede selskaber - samt elselskaber, filialer af udenlandske virksomheder og omstruktureringer, hvor alle involverede selskaber er hjemmehørende udenfor Danmark
• Grænseoverskridende omstruktureringer

Storkundesager som nævnt ovenfor forstås som Center for Store Selskabers ligningsmæssige mandtal, jf. herved TSS-Cirkulære nr. 2005-1.

Såfremt anmodningen om skattefri omstrukturering modtages i et andet center i SKAT end det, der skal stå for sagsbehandlingen, vil anmodningen blive videresendt af SKAT.

Anmodninger om flere omstruktureringer, der ønskes foretaget i forlængelse af hinanden, som f. eks. skattefri aktieombytning efterfulgt af skattefri spaltning, bliver behandlet i samme enhed i SKAT.

SKATs afgørelser kan påklages til Landsskatteretten, jf. skatteforvaltningsloven § 11. Bestemmelserne om omkostningsgodtgørelse i skatteforvaltningsloven kapitel 19 finder anvendelse.