Hvad angår betaling af skat af den relevante del af CFC-datterselskabets indkomst, sker denne alene i moderselskabet, idet CFC-beskatningen er regulering af moderselskabets skattepligtige indkomst. Der opgøres ikke en sambeskatningsindkomst.
Hvis betingelserne for CFC-beskatning er opfyldt, skal moderselskabet medregne den del af datterselskabets CFC-indkomst, der svarer til den gennemsnitlige andel af datterselskabets samlede aktiekapital, som moderselskabet har ejet i indkomståret. Der medregnes dog kun indkomst optjent af datterselskabet i den del af moderselskabets indkomstår, hvor moderselskabet har kontrol over eller væsentlig indflydelse på datterselskabet.

Det er kun den ovenfor beskrevne andel af datterselskabets CFC-indkomst, der medregnes ved moderselskabets indkomstopgørelse. Eventuelle underskud i datterselskabet kan ikke overføres til moderselskabet. Et sådant underskud kan alene fremføres til fradrag i indkomst optjent af samme selskab, jf. SEL § 32, stk. 4., sidste pkt. 

Moderselskabet CFC-beskattes i de indkomstår, hvor CFC-indkomsten i datterselskabet udgør mere end 1/3 af den samlede skattepligtige indkomst, og hvor datterselskabets samlede udenlandske indkomstskat er mindre end 3/4 af skatten beregnet på grundlag af satsen i § 17, stk. 1, af datterselskabets samlede skattepligtige indkomst, jf. SEL § 32, stk. 1. Vurderingen af, om moderselskabet skal CFC-beskattes, foretages således hvert indkomstår. Kun i de indkomstår, hvor betingelserne for CFC-beskatning er opfyldt, skal der gennemføres CFC-beskatning. Et dansk moderselskab med et udenlandsk datterselskab kan således fra år til år ind- og udtræde af CFC-beskatningen.

CFC-beskatningen gennemføres dog udelukkende på baggrund af den periode, som moderselskabet har haft kontrol med eller væsentlig indflydelse på datterselskabet, og udelukkende på baggrund af moderselskabets ejerandel i kontrolperioden, jf. SEL § 32, stk. 7, 1. og 2. pkt. Har moderselskabet ikke haft kontrol med datterselskabet i hele indkomståret, skal der aflægges perioderegnskab for datterselskabets virksomhed i den periode, hvor kontrolbetingelsen er opfyldt, jf. SEL § 32, stk. 11, 2. pkt.
 

Indgangsværdier Af SEL § 32, stk. 7, 1. pkt., fremgår, at ved moderselskabets indkomstopgørelse medregnes en andel af datterselskabets CFC-indkomst. Af forarbejderne til bestemmelsen fremgår, at den skattepligtige CFC-indkomst for moderselskabet opgøres på samme måde som hidtil med hensyn til indgangsværdier, ejertid m.v. Se i denne forbindelse LV 2001, afsnit S.D.5.5. Genvundne afskrivninger kan højst udgøre det beløb, hvormed summen af afskrivninger foretaget i år under CFC-beskatning overstiger det faktiske værditab efter det tidspunkt, hvor moderselskabet fik kontrol over eller væsentlig indflydelse på datterselskabet, jf. SEL § 32, stk. 7, 5. pkt.
 

Afståelse af aktiver og passiver Ved afståelse af datterselskabets aktiver og passiver, der er erhvervet eller oparbejdet, før moderselskabet fik kontrol over eller væsentlig indflydelse på datterselskabet, skal handelsværdien på det tidspunkt, hvor moderselskabet fik kontrol over eller væsentlig indflydelse på datterselskabet, anvendes i stedet for anskaffelsessummen, jf. SEL § 32, stk. 7, 3. pkt. Dette gælder dog kun, såfremt fortjeneste og tab på de pågældende aktiver og passiver ikke i forvejen medregnes ved den danske indkomstopgørelse, jf. SEL § 32, stk. 7, 4. pkt.
 
Andelsbeskattede foreninger For andelsbeskattede foreninger, dvs. andelsforeninger omfattet af SEL § 1, stk. 1, nr. 3, gælder det, at CFC-skattepligtig indkomst beskattes med den almindelige selskabsskattesats, jf. SEL § 19, stk. 1. Denne bestemmelse har til formål at hindre de utilsigtede virkninger, der kan opstå, ved at en andelsforening indskyder et normalbeskattet selskab mellem sig selv og et udenlandsk finansielt lavskatteselskab, jf. følgende eksempel:

Eksempel
Andelsforeningen A ejer 100 pct. af aktierne i selskabet S. Samtidig ejer A 100 pct. af aktierne i det udenlandske lavskatteselskab U, som er oprettet som en koncernintern bank. Selskabet S betaler renter til selskabet U, hvilket giver fradrag i Danmark. Overskuddet i U er CFC-skattepligtig indkomst for andelsforeningen A, da A er moderselskab for U, men da A efter de særlige regler om andelsbeskatning alene beskattes på grundlag af sin formue, ville der uden bestemmelsen i SEL § 19, stk. 1, 2. pkt., alligevel ikke blive tale om betaling af CFC-skat. Bestemmelsen medfører således, at CFC-skatten skal betales af andelsforeningen.
Til gengæld medregnes den del af andelsforeningens formue, der består af aktier i udenlandske CFC-selskaber, ikke ved opgørelsen af den indkomst, som undergives andelsbeskatning. Dette gælder såvel for de aktier, som andelsforeningen direkte ejer, som for de aktier, andelsforeningen indirekte ejer.