Hvis der hæves beløb på en etableringskonto, og det viser sig, at der ikke kan forlods afskrives, afholdes udgifter eller etableres i selskabsform, skal der ske efterbeskatning af de hævede indskud på samme måde, som hvis etablering opgives, jf. ETBL § 11 A, stk. 1. 

Årsagen til, at der ikke kan foretages en forlods afskrivning m.m., kan f.eks være, at den skattepligtige ikke opfylder arbejdskravet. Se SKM2006.367.ØLR, hvor landsretten ikke anså det for bevist, at skatteyderen havde etableret selvstændig virksomhed på tidspunktet for hævningen af etableringskontomidler, og at skatteyderen havde deltaget i virksomhedens drift med en ikke uvæsentlig arbejdsindsats med 50 timer om måneden. Efterbeskatningen af de hævede etableringskontomidler var derfor sket med rette.

Der skal også efterbeskattes, hvis kun en del af det hævede indskud kan forlods afskrives. Det kan f.eks. forekomme, hvis afskrivningsgrundlaget nedsættes ved ligningen. I så fald skal kun den del af indskuddet, der ikke kan forlods afskrives, efterbeskattes.

TfS 1998, 257 VLD. Hævede etableringskontomidler anvendt til opførelse af bygning, der hovedsageligt var anvendt som hestestald, blev efterbeskattet efter ETBL § 11 A, stk. 1, da landbrug med svine- og hestehold ikke kunne anses for erhvervsmæssigt drevet.

Hvis forlods afskrivning derimod er udelukket, fordi virksomheden er ophørt i løbet af indkomståret, finder ETBL § 11 A ikke anvendelse, idet situationen er omfattet af den sædvanlige ophørsregel i ETBL § 11, stk. 3, se afsnit E.D.2.9. 

Efterbeskatning sker ved, at indskudsbeløbet medregnes i den skattepligtige indkomst for det indkomstår, hvori indskuddene er hævet. Indskudsbeløbet medregnes med tillæg af 3 pct. for hvert år fra udløbet af de indkomstår, hvori indskuddene er fradraget, og indtil udløbet af det indkomstår, hvori indskuddene er hævet. Til og med indkomståret 2001 udgør tillægget dog 5 pct. Beskatningen sker med satsen for sundhedsbidrag efter personskattelovens § 8 og med satserne for kommunal indkomstskat og kirkeskat for det indkomstår, hvor indskudsbeløbet mv. medregnes i den skattepligtige indkomst. For indskud fradraget til og med indkomståret 2001 anvendes dog satsen for indkomstskat efter PSL § 6, satsen for sundhedsbidrag efter personskattelovens § 8 og satserne for kommunal indkomstskat og kirkeskat, jf. ETBL § 11 A, stk. 1. (ETBL § 11 A, stk. 1 er ændret med virkning fra og med indkomståret 2007, jf. § 13, stk. 1 i lov nr. 514 af 7. juni 2006.)

I SKM2003.256.HR gjorde en skatteyder gældende, at der ikke kunne foretages efterbeskatning efter ETBL § 11 A, stk. 1, da det udelukkende skyldtes myndighedernes forhold, at han havde været afskåret fra at benytte en bil erhvervsmæssigt. Dette synspunkt blev forkastet af Højesteret, der lagde vægt på, at bilen ubestridt ikke var blevet benyttet erhvervsmæssigt.

I de tilfælde, hvor der ved efterbeskatning bliver tale om restskat, skal der endvidere betales restskattetillæg efter KSL § 61. Reglerne om nedsættelse eller bortfald af overskydende skat i KSL § 62 A, stk. 2, finder ligeledes anvendelse. Hvis det opgjorte skatteefterkrav ikke betales rettidigt, skal der betales morarenter efter de sædvanlige regler. 

Den foran omtalte efterbeskatning kan undgås, hvis den skattepligtige vælger i stedet at overføre beløbet til forlods afskrivning på andre aktiver, der berettiger til forlods afskrivning efter ETBL § 11 A, stk. 2. Det er en forudsætning, at forlods afskrivning foretages senest i det indkomstår, der følger efter det indkomstår, hvori midlerne er hævet. Etablering skal dog være sket senest ved udgangen af det indkomstår, hvori kontohaveren fylder 65 år. Se afsnit E.D.2.5.6. Hvis f.eks. en skattepligtig får afvist en forlods afskrivning ved ligningen for indkomståret 2002, kan han vælge at overføre det ikke anvendte etableringskontoindskud til forlods afskrivning på andre aktiver senest for indkomståret 2003. 

Hvis en skattepligtig, der har valgt at overføre forlods afskrivninger til andre aktiver, som opfylder betingelserne efter etableringskontoloven, ikke anskaffer sådanne aktiver, skal der efter ETBL § 11 A, stk. 3, ske efterbeskatning. I så fald skal tillæg beregnes til udløbet af det indkomstår, der følger efter det år, hvori beløbet er hævet.

Anskaffer kontohaveren aktiver, der berettiger til forlods afskrivning efter etableringskontoloven, skal det ikke-anvendte indskud benyttes til forlods afskrivning på disse aktiver indtil hele indskuddet er anvendt, jf. ETBL § 11 A, stk. 2, sidste pkt.

I SKM2003.476.LR blev Ligningsrådet anmodet om tilladelse til omgørelse efter SSL § 37 C, således at hævede etableringskontomidler, herunder renter frem til hævningstidspunktet, med skattemæssig virkning blev ført tilbage til banken. Etableringskontomidlerne skulle således anses for aldrig at være hævet. Skatteyder etablerede i 1998 selvstændig erhvervsvirksomhed, i hvilken forbindelse der blev frigivet etableringskontomidler. Den skatteansættende myndighed fandt, at skatteyderen ikke kunne anses at have etableret en erhvervsmæssig virksomhed, hvorefter de hævede etableringskontmidler blev efterbeskattet. Ligningsrådet fandt, at betingelserne i SSL § 37 C, stk. 1, var opfyldt og meddelte tilladelse til at omgøre dispostionen således at omgørelsen blev tillagt virkning ex nunc, jf. principperne i TfS 1997,547. Ligningsrådet fandt, at der ikke var hjemmel i SSL § 37 C til at begrænse ordningen, også selvom der i Processuelle regler på ToldSkats område, afsnit O.1 anføres, at der ikke skal ske behandling efter omgørelsesreglerne, hvis de skattemæssige virkninger ved indgåelse og ændring af en privatretlig disposition er særskilt reguleret i skattelovgivningen, eksempelvis indskud på etableringskonto.

De nugældende regler om omgørelse er i skatteforvaltningslovens § 29.