Lovens skærpede beskatning af fratrædelsesgodtgørelser og jubilæumsgratialer og gaver i forbindelse hermed har virkning for udbetalinger af fratrædelsesgodtgørelser, der sker den 1. januar 2000 eller senere.
Om overgangsreglerne se LV 2003-1 Almindelig del afsnit A.B.1.4.3.
Et forhold er, hvordan beskatningen sker. Sker det efter de nye eller gamle regler? Et andet forhold er, hvornår beskatningen sker? Dette afhænger af periodiseringsreglerne kombineret med de almindelige regler i kildeskatteloven.
For så vidt angår tidspunktet for beskatningen af fratrædelsesgodtgørelser er fratrædelsesgodtgørelsen som udgangspunkt skattepligtig på det tidspunkt, hvor medarbejderen erhverver ret hertil (retserhvervelsesprincippet).
Da fratrædelsesgodtgørelser normalt er A-indkomst, gælder vedrørende beskatningstidspunktet de særlige regler i KSL § 46, stk. 2, jf. kildeskattebekendtgørelsens § 17, stk. 1, for A-indkomst, der kommer til udbetaling efter udløbet af den pågældende indtjeningsperiode. Efter disse bestemmelser beskattes udbetalingen i det indkomstår, hvori udbetalingen finder sted. Har udbetalingen ikke fundet sted på et tidspunkt, der ligger 6 måneder efter retserhvervelsestidspunktet, er beløbet dog indkomstskattepligtigt på dette tidspunkt.
Det er således både udbetalingstidspunktet og retserhvervelsestidspunktet, der har betydning for, hvornår fratrædelsesgodtgørelsen rent faktisk beskattes.
Indgår en medarbejder en aftale om fratræden, der fx er betinget af, at medarbejderen bliver i jobbet indtil opsigelsesperiodens udløb, erhverver den pågældende medarbejder først ret til godtgørelsesbeløbet, når denne betingelse er opfyldt (tidspunktet for fratrædelsen), jf. SKM2001.375.LSR, hvorefter en banks udgifter (hensættelser) til fratrædelsesgodtgørelse til medarbejdere først kunne fratrækkes i forbindelse med den enkelte medarbejders fratræden og ikke på tidspunktet for indgåelse af en "senioraftale". Medarbejderen er dog omfattet af overgangsordningen, hvis den konkrete aftale om fratræden er indgået inden 1. januar 2000, dvs. at beskatningen sker i henhold til de hidtil gældende regler, uanset om beskatningstidspunktet fx er indkomståret 2003.
Hvis medarbejderen derimod bliver fritstillet, vil den pågældende erhverve ret til fratrædelsesgodtgørelsen på tidspunktet for fritstillelsen, jf. eksempelvis SKDM 1971, 78DEP samt TfS 1999, 576. Hvis der er særlige betingelser forbundet med fritstillelsen, vil det konkret skulle vurderes nærmere, hvornår medarbejderen har erhvervet endelig ret til godtgørelsen. Et eksempel på en særlig betingelse, der medfører, at skatteyderen ikke erhverver endelig ret til fratrædelsesgodtgørelsen ved fritstillelsen, kan være, at fratrædelsesgodtgørelsen bortfalder, hvis medarbejderen afgår ved døden i fritstillelsesperioden, eller hvis medarbejderen tiltræder ny beskæftigelse i denne periode.
Det betyder, at hvis medarbejderen ved aftalens indgåelse har erhvervet endelig ret til godtgørelsen, fx fordi den pågældende samtidig fritstilles, skal beløbet senest beskattes 6 måneder efter tidspunktet for indgåelsen af aftalen, jf. KSL § 46, stk. 2 og kildeskattebekendtgørelsen § 17 Hvis arbejdstageren i stedet ønsker godtgørelsesbeløbet indbetalt på en pensionsordning omfattet af PBL afsnit I, kan arbejdsgiveren frem til beskatningstidspunktet indgå en sådan aftale, jf. PBL § 19.
Har en medarbejder i første halvår af 2002 indgået en aftale om fratræden, der betyder, at medarbejderen har erhvervet endelig ret til godtgørelsen på dette tidspunkt, kan der på grund af 6 måneders reglen i kildeskatteloven ikke ske nogen beskatning i år 2003 eller senere, idet beskatningen vil ske i år 2002. Dette medfører ligeledes, at fratrædelsesbeløbet heller ikke vil kunne indbetales på en pensionsordning i år 2003 eller senere med bortseelsesvirkning efter PBL § 19.
For så vidt angår fratrædelsesgodtgørelse efter funktionærlovens § 2 a er det selve opsigelsen af funktionæren, der udløser kravet på udbetaling af godtgørelsen ved senere fratræden. Der er tale om et betinget krav, idet kravet på udbetaling civilretligt efter retspraksis er betinget af, at funktionæren rent faktisk fratræder sin funktionærstilling, at dette sker i henhold til opsigelse eller en heraf afledet kontraopsigelse, at anciennitetskravet er opfyldt på fratrædelsesdagen, og at fratræden ikke er begrundet i efterfølgende grov misligholdelse fra funktionærens side eller i dennes dødsfald. Det er fratrædelsestidspunktet, der er afgørende for anciennitetens beregning. Sker fratrædelsen eksempelvis ved en kontraopsigelse fra funktionærens side før funktionæren har opnået mindst 12 års anciennitet fortabes retten til godtgørelse. Det skattemæssige retserhvervelsestidspunkt er følgelig udskudt til tidspunktet for funktionærens fratrædelse. I TfS 1991, 422 blev en ansat på grund af sygdom opsagt den 1. juli 1987 til fratrædelse den 15. januar 1988. Landsskatteretten fandt, at krav på fratrædelsesgodtgørelse efter funktionærlovens § 2 a blev erhvervet ved opsigelsen, men at udbetalingen af godtgørelsen var betinget af, at den ansatte fratrådte sin stilling. Da retserhvervelsestidspunktet således var udskudt til den 15. januar 1988, var skattepligten efter dagældende § 2, nr. 9 i lov om særlig indkomstskat m.v. først indtrådt i 1988