Ved en skattefri fusion efter fusionsskatteloven succederer det modtagende selskab i det indskydende selskabs forhold, jf. FUL § 8.

Når der på den sidst afholdte generalforsamling for de i en fusion deltagende selskaber er taget beslutning om gennemførelsen af en skattefri fusion, skal fusionen anmeldes til Erhvervs- og Selskabsstyrelsen. Genparter af fusionspapirer skal indsendes til SKAT senest 1 mdr. efter fusionens vedtagelse jf. FUS § 6, stk. 4. Derudover skal der indsendes en indkomstopgørelse for den afsluttende periode i det indskydende selskab til den lokale told- og skatteforvaltning, jf. SEL § 5, stk. 3.

Fusionsdatoen lægges til grund for told- og skatteforvaltningens administration af den acontoskat, der er indbetalt for det indskydende selskab, idet det indskydende selskab som udgangspunkt ophører med at eksistere som retssubjekt fra dette tidspunkt. Dog kan det accepteres at bestå skattemæssigt indtil den seneste generalforsamling for fusionen.

Der er ikke i selskabskatteloven fastsat nærmere regler for, hvordan fordelingen af det indskydende selskabs indbetalinger af acontoskat inden den endelige vedtagelse af fusionen skal ske mellem det indskydende selskab og det modtagende selskab.

Den administrative praksis har hidtil været således:

1. Det indskydende selskabs indbetalte acontoskatter (ordinære rater og frivillige indbetalinger) før fusionsdatoen godskrives det indskydende selskab.
2. Det indskydende selskabs ordinære rater og frivillige indbetalinger fra fusionsdatoen og indtil 6 måneder efter fusionsdatoen godskrives det modtagende selskab.
3. Indbetalinger senere end 6 måneder efter fusionsdatoen udbetales til det modtagende selskab.

Den praksis, at indbetalte acontoskatter efter fusionsdatoen og indtil fusionen er endeligt vedtaget i samtlige fusionerede selskaber, tilfalder det modtagende selskab, kan i visse tilfælde føre til, at det modtagende selskab får en overskydende skat med godtgørelse jf SEL § 29 B stk. 5, og det indskydende en tilsvarende restskat med et tillæg jf SEL § 29 B stk. 4. Differencen mellem procentsatserne på godtgørelsen og restskattetillægget virker som en samlet større skattebetaling m.v. end, hvis det indskydende selskabs acontoskat blev henført til dette selskab for perioden.

Den nævnte virkning vil kunne forekomme, når det indskydende selskab har bagudforskudt indkomstår, og indbetalingerne efter fusionsdatoen vedrører indkomståret forud for fusionen.

Efter anmodning til den lokale told- og skatteforvaltning kan der bevilges tilladelse til, at det indskydende selskabs indbetalinger af acontoskat i perioden fra og med fusionsdatoen og til og med vedtagelsesdatoen, henføres til det indskydende selskab, når betalingen vedrører det sidste indkomstår forud for fusionen.

Hvis de pågældende indbetalinger derimod vedrører en periode, hvor selskabets skattepligt er ophørt, henføres indbetalingen til det modtagende selskab i overensstemmelse med successionsprincippet i fusionsskatteloven.

Eksempel:

Regnskabsår for indskydende og modtagende selskaber: 1/7 - 30/6

Fusionsdato: 1/7 2003

Anmeldelsesfrist: 31/12 2003

Betaling af acontoskat: 20. marts og november 2003 går ind på indkomståret 2003, dvs. på skatteberegningen for perioden 1/7 2002 - 30/6 2003.