Den skattepligtige indkomst for de i FBL § 1, stk. 1, nr. 1 og nr. 4 nævnte fonde og de i FBL § 1, stk. 1, nr. 2 nævnte foreninger (brancheforeninger) opgøres ifølge FBL § 3, stk. 1, efter skattelovgivningens almindelige for indregistrerede aktieselskaber gældende regler.

Indkomst ved erhvervsmæssig virksomhed medregnes i sin helhed ved opgørelsen af den skattepligtige indkomst, jf. FBL § 3, stk. 2, 1. pkt. Den øvrige samlede (ikke-erhvervsmæssige) indkomst beskattes derimod alene i det omfang, den overstiger 25.000 kr., for foreninger som nævnt i FBL § 1, stk. 1, nr. 2, dog 200.000 kr., jf. FBL § 3, stk. 2, 2. pkt. Se nærmere om dette bundfradrag i afsnit S.H.17.

For de i FBL § 1, stk. 1, nr. 3, nævnte arbejdsmarkedssammenslutninger findes særlige regler om indkomstopgørelsen i FBL § 8, hvortil FBL § 3, stk. 4 henviser. Se herom nedenfor i afsnit S.H.18.

I den efter FBL §§ 3 og 8 opgjorte indkomst anerkendes en række særlige fradrag efter FBL §§ 4, 5 og 9, som er nærmere omtalt nedenfor under afsnittene S.H.21., S.H.22. og S.H.23.

I FBL § 3, stk. 1, er der henvist til de for aktieselskaber gældende regler for opgørelsen af den skattepligtige indkomst. Denne henvisning bevirker, at fondes og de i FBL § 1, stk. 1, nr. 2, nævnte foreningers indkomst som hovedregel opgøres efter selskabsskattelovens regler. Det vil sige skattelovgivningens almindelige regler, for så vidt de efter deres indhold er anvendelige på fonde og foreninger, jf. SEL § 8. Henvisningen til de regler, der gælder for selskaber, suppleres med en række yderligere henvisninger, hvorved fonde og foreninger bringes ind under aktieselskabslignende regler.

I SKM.2003.526.LSR fastslog Landsskatteretten, at en brancheforening omfattet af FBL § 1, stk. 1, nr. 2, var skattepligtig af kontingentindtægter. De pågældende kontingentindtægter blev anset for en del af foreningens øvrige samlede (ikke-erhvervsmæssige) indkomst, som beskattes i det omfang, den overstiger 200.000 kr., jf. FBL § 3, stk. 2, 2. pkt.

Indkomstopgørelsen foretages under ét. Det medfører eksempelvis, at negativ erhvervsmæssig indkomst fragår i en eventuel anden positiv skattepligtig indkomst, der resterer efter bundfradrag som omtalt i afsnit S.H.17. For arbejdsmarkedssammenslutninger skal driftsomkostninger dog henføres til de indtægter, de vedrører, jf. afsnit S.H.18.2.

Indkomstskatten udgør den i SEL § 17, stk. 1, nævnte procent af den skattepligtige indkomst, jf. FBL § 11, stk. 1. Ved lov nr. 426 af 6. juni 2005 § 1, nr. 11, er SEL § 17, stk. 1, ændret, idet selskabsskatteprocenten er nedsat fra 30 pct. til 28 pct. Nedsættelsen har virkning fra og med indkomståret 2005, jf. ændringslovens § 15, stk. 5.