Hektarstøtte kan ikke indregnes i produktionsomkostningerne, da støttebeløbet ikke er en udgift, som afholdes i forbindelse med frembringelsen af varelageret. Hektarstøtte er derimod en indtægt, der skal beskattes på tidspunktet for den endelige retserhvervelse, dvs. på det tidspunkt, hvor der træffes afgørelse om tildeling og størrelsen af tildelingen af hektarstøtte. 

Vedrørende landbrugsreform 2005 henvises til afsnit E.E.4.9.

SKM2001.309.LSR : I forbindelse med salg af en landbrugsejendom betalte køber for retten til årets hektarstøtte. På grund af en fejl blev producentskifte ikke anmeldt rettidigt over for EU-direktoratet, hvorfor sælger fik udbetalt hektarstøtten. Køber fik via refusionsopgørelsen reguleret den ikke modtagne hektarstøtte. Herefter var hektarstøtten købers indkomstopgørelse uvedkommende.

I SKM2004.384.HR stadfæstede Højesteret Vestre Landsrets dom (SKM2002.623.VLR). I forbindelse med sit køb af en landejendom havde køber overtaget sælgerens krav på hektarstøtte for salgsåret og betalt kurs pari herfor. Køberen havde indtægtsført det senere fra EU-Direktoratet udbetalte hektarstøttebeløb, men havde samtidig ved indkomstopgørelsen foretaget fradrag for sin betaling til sælger af ejendommen for fordringen på hektarstøtten. Retten udtalte, at den til køberen udbetalte hektarstøtte er skattepligtig indkomst efter SL § 4. Den omstændighed at der ved en aftale om producentskifte sker overdragelse af en fordring mod EU-Direktoratet medfører ikke, at kravet i denne situation bliver omfattet af kursgevinstloven med den virkning, at det herefter udbetalte støttebeløb ikke er skattepligtigt. Retten udtalte også, at køberens udgift til erhvervelse af kravet på hektarstøtte ikke er en udgift, som er afholdt til den løbende drift af landbrugsvirksomheden, og udgiften kunne derfor ikke fradrages i køberens skattepligtige indkomst efter SL § 6, stk. 1, litra a. Landsretten anførte også, at køberens overtagelse af kravet på hektarstøtte er et selvstændigt formueaktiv og ikke en del af købesummen for den faste ejendom, og der kunne derfor heller ikke foretages afskrivning efter afskrivningsloven. Denne sidste påstand var ikke gentaget for Højesteret.