I tilfælde af uregelmæssigheder opstået i forbindelse med en TIR-transport skal toldmyndighederne, hvor dette er muligt, søge at opnå betaling hos carnetets indehaver.   
 
Hvis det ikke er muligt, f.eks. fordi carnetets indehaver er gået konkurs, gøres kravet gældende mod den nationale garantiorganisation.  
 
Den nationale garantiorganisation kan herefter gennem IRU anmode om refusion af det beløb, den har måttet betale, fra en international forsikringssammenslutning.  
 
Det er overladt til hvert enkelt land at fastsætte den garanti, det vil kræve. Inden for EU er det beløb, der kan kræves, med virkning fra 1. september 2003 fastsat til 60.000 Euro.

For forsendelser under TIR-ordningen af nærmere angivne tobaks- og alkoholprodukter, blev der fra 1. september 1993 iværksat en særlig garantiordning. For disse varer gælder, at garantien er fastsat til maksimalt 200.000 US dollars pr. TIR-carnet. Denne ordning kræver anvendelse af et særligt TIR-carnet se afsnit B.2.3.3.4.  
 
Garantidækningen for det særlige TIR-carnet til transport af tobak-og alkoholprodukter er blevet tilbagetrukket med virkning fra 30. november 1994, og carnetet udstedes ikke længere.  
 
Dette indebærer, at det reelt ikke er muligt at transportere tobak og alkoholprodukter under TIR-ordningen.