Efter VSL § 3, stk. 6, reguleres indskudskontoen årligt ved indkomstårets udløb. Ved disse årlige reguleringer tillægges årets indskud, mens hævninger på indskudskontoen fradrages. Dette bevirker, at reguleringer af værdierne af aktiver og passiver i virksomheden, som f.eks. en ændring af ejendomsværdi og ændret kontantværdiansættelse af aktiver og gæld, ikke i sig selv påvirker indskudskontoen uanset, om reguleringerne er skattepligtige/fradragsberettigede eller ej og uanset, om gevinsten/tabet er realiseret eller urealiseret.

Urealiserede kapitalgevinster vil således ikke forøge indskudskontoen. Hvis den skattepligtige imidlertid trækker en urealiseret kapitalgevinst ud til private formål, er der tale om en hævning i den almindelige hæverækkefølge, jf. VSL § 5, stk. 1. Hævningen vil dermed efter omstændighederne reducere indskudskontoen. Hvis den urealiserede kapitalgevinst belånes, og låneprovenuet anvendes til private formål, vil der ligeledes være tale om en hævning, som efter omstændighederne kan reducere indskudskontoen.

Indskudskontoen påvirkes ikke af, at virksomheden belåner urealiserede kapitalgevinster og anvender provenuet erhvervsmæssigt. I så fald fragår renteudgifterne ved opgørelsen af virksomhedens overskud.

Den skattepligtige kan endvidere optage lån privat mod sikkerhed i virksomhedens aktiver, uden at dette påvirker indskudskontoen. Da der er tale om et privat lån, vil renteudgiften være negativ kapitalindkomst.

Da indskudskontoen ikke påvirkes af tab, vil den skattepligtige ikke miste sin mulighed for at hæve sit oprindelige indskud som følge af tab. Dette gælder, hvad enten tabene er fradragsberettigede som f.eks. driftsunderskud eller ikke fradragsberettigede som f.eks. kurstab på en obligationsbeholdning, og det gælder uanset om tabene er realiserede eller ej.

Realiserede kapitalgevinster i virksomheden, der ikke er skattepligtige, vil ikke forøge indskudskontoen. Sådanne gevinster kan kun udtages til private formål i den almindelige hæverækkefølge efter VSL § 5, stk. 1. Dette kan eventuelt medføre endelig beskatning af årets overskud eller opsparet overskud.

Realiserede kapitalgevinster, der er skattepligtige, vil heller ikke i sig selv påvirke indskudskontoen. Skattepligtige kapitalgevinster vil kunne udtages i hæverækkefølgen som en del af virksomhedens overskud.

Indskudskontoen påvirkes i det omfang, den skattepligtige uden om hæverækkefølgen overfører beløb fra indskudskontoen til mellemregningskontoen ved delvis afståelse efter VSL § 15 a, stk. 1-2, ved delvist ophør efter VSL § 15 a, stk. 3, og ved delvis skattefri virksomhedsomdannelse efter VSL § 16 a, stk. 2. Reglerne herom er behandlet i henholdsvis E.G.2.15.1.5, E.G.2.15.1.6 og E.G.2.15.2.2.