FUL §§ 3 og 4 omfatter tilfælde, hvor der som en undtagelse fra hovedreglen kræves tilladelse til anvendelse af lovens regler ved fusion af danske selskaber.

Kompetencen til at træffe afgørelse efter de nævnte bestemmelser er udlagt til de regionale told- og skattemyndigheder, henholdsvis Københavns eller Frederiksberg kommune, jf. sagsudlægningsbekendtgørelsen § 7. Ansøgning om tilladelse til skattefri fusion indgives herefter til den lokale told- og skatteregion henholdsvis skatteforvaltningen i Københavns eller Frederiksberg kommune, hvor det modtagende selskab er hjemmehørende. Hvis det indskydende selskab og det modtagende selskab ligger i forskellige regioner/(kommuner), er det det modtagende selskabs beliggenhed, der er afgørende for, hvor ansøgningen skal sendes til. Uden for Københavns og Frederiksberg kommuner er det de regionale told- og skattemyndigheder, der kan give tilladelse til skattefri fusion. Er det modtagende selskab i fusionen hjemmehørende i Københavns eller Frederiksberg kommune, skal ansøgningen sendes til den kommunale skatteforvaltning. Dette gælder også for fusioner, hvori der deltager selskaber, som bliver lignet af ToldSkat Selskabsrevisionen.

Finder vedkommende region/(kommune), at anmodningen ikke kan imødekommes, eller at der skal stilles vilkår, skal sagen - med begrundet indstilling - indsendes til Told- og Skattestyrelsen til afgørelse.