Efter skatteforvaltningslovens § 48, stk. 1, er udgangspunktet for borgerne/virksomhederne, at en administrativ afgørelse først kan indbringes for domstolene, når der foreligger en endelig administrativ afgørelse. Der foreligger en endelig administrativ afgørelse, når den øverste forvaltningsmyndighed på området (det kan være et skatteankenævn, Landsskatteretten, Skatterådeteller told- og skatteforvaltningen) har fået spørgsmålet forelagt til prøvelse, og denne klageinstans enten har afgjort spørgsmålet eller har afvist at behandle spørgsmålet.

Folketingets Ombudsmand har i en udtalelse af 26. april 2004 til et revisionsfirma bl.a. fundet, at anvendelsesområdet og rækkevidden af SSL § 31 (der nu svarer til skatteforvaltningslovens § 48) i en sag, som den revisonsfirmaet havde forelagt Ombudsmanden, burde fastslås af domstolene. Situationen var den, at et revisionsfirma havde klaget til Folketingets Ombudsmand over, at Landsskatteretten havde afsagt formalitetskendelse i en konkret skattesag, samt at Departementet i sagen havde nægtet at tillade, at fristen for indbringelse af formalitetskendelsen blev suspenderet, indtil Landsskatteretten afsagde afgørelse vedrøende det materielle spørgsmål i sagen, jf. SKM2004.212.DEP.

Praksis for prøvelse af endelige administrative afgørelser►Den nedenfor nævnte praksis vedrører tiden før skatteforvaltningslovens ikrafttræden. Da SSL's bestemmelser om domstolsprøvelse er videreført i skatteforvaltningsloven, er praksis fortsat gældende.◄

• I SKM2003.551.VLR udtalte Vestre Landsret i en sag om genoptagelse, at det følger af SSL § 31, stk. 1 og stk. 3, (der svarer til skatteforvaltningslovens § 48, stk. 1 og stk. 3) sammenholdt med princippet om rekursudnyttelse, at landsretten var afskåret fra at prøve sagens materielle skattespørgsmål, idet Landsskatteretten i sin kendelse alene havde taget stilling til genoptagelse.
• I TfS 1999, 577 VLR afviste Vestre Landsret et spørgsmål, der ikke havde været påkendt eller afvist ved Landsskatteretten, da der ikke var en sådan sammenhæng til det påklagede spørgsmål, at der var grundlag for at fravige SSL § 31, stk. 1, (der svarer til skatteforvaltningslovens § 48, stk. 1). Se også TfS 1998, 72 ØLR om samme problemstilling.
• I SKM2002.225.ØLR omfattede den skattepligtiges påstand for domstolene et forhold, som ikke havde været omfattet af den administrative afgørelse. Landsretten bemærkede, at afgørelsen på dette forhold ikke kunne indbringes for domstolene i mangel af prøvelse ved den øverste rekursinstans, jf. SSL § 31, stk. 1, 1 pkt. (der svarer til skatteforvaltningslovens § 48, stk. 1, 1. pkt.), og at prøvelse heller ikke tillades i medfør af SSL § 31, stk. 1, 2. pkt. (der svarer til skatteforvaltningslovens § 48, stk. 1, 2. pkt.), da fristen for indbringelse af afgørelse fra øverste administrative klageinstans for domstolene var overskredet.
• Af TfS 1999, 198 ØLR følger, at et anmeldt skattekrav i et konkursbo kan prøves, selv om administrativ rekurs ikke har været forsøgt. TfS 1997, 740 ØLR fik samme udfald, men kendelsen er mindre vidtgående, dels fordi skatteansættelsen var under klagebehandling i Landsskatteretten på tidspunktet for skifterettens prøvelse, og dels fordi prøvelsen skete i forbindelse med stillingtagen til afsigelse af konkursdekret.
• I SKM2002.521.BR nåede skifteretten til det resultat, at prøvelsesretten efter konkurslovens § 242 var afskåret i medfør af SSL § 31 (der svarer til skatteforvaltningslovens § 48), medmindre der forelå ganske særlige omstændigheder. Det forhold, at konkursboet først i forbindelse med fordringsprøvelsen havde mulighed for at prøve berettigelsen af et krav, blev af skifteretten ikke anset for at være en ganske særlig omstændighed, som skulle medføre, at det anmeldte krav kunne undergives en behandling i realiteten.
• I TfS 1998, 204 VLR kunne der tages stilling til en ansættelse af selskabsskat i en sag om erstatning for tabt selskabsskat, selvom administrativ rekurs ikke havde været forsøgt vedrørende ansættelsen af selskabet. Kendelsen i TfS 2000, 638 ØLR går i modsatte retning, idet skyldneren ikke fik medhold i, at de rejste skattekrav, som ikke var behandlet i det skatteretlige system, skulle efterprøves af skifteretten for at kunne danne grundlag for konkurs.
• I SKM2001.581.VLR var det alene Landsskatterettens afgørelse om sagens afvisning på grund af fristoverskridelse, som sagsøger kunne indbringe for domstolene.