Regel
ML § 39 har følgende ordlyd:
"Stk. 1. Afgift vedrørende opførelse af bygninger, herunder tilbygninger, som foruden lokaler for den registrerede virksomhed omfatter andre lokaler, kan fradrages med den del af den samlede afgift på bygningen, som byggeomkostningerne for virksomhedens lokaler skønnes at udgøre i forhold til de samlede byggeomkostninger.
Stk. 2. Til virksomhedens lokaler efter stk. 1 medregnes ikke
- lokaler, der anvendes som bolig for virksomhedens indehaver eller personale, uanset om lokalerne tillige anvendes i den pågældendes erhverv,
- lokaler, der anvendes til udlejning, medmindre udlejningen er omfattet af en frivillig registrering efter § 51, stk. 1.
Stk. 3. Afgift vedrørende ombygnings-, reparations- og vedligeholdelsesarbejder på de i stk. 1 omhandlede bygninger kan fradrages, i det omfang afgiften direkte vedrører virksomhedens lokaler. Det er en betingelse, at leverandøren i sin faktura har foretaget en opdeling af prisen for det udførte arbejde.
Stk. 4. Afgift vedrørende ombygnings-, reparations- og vedligeholdelsesarbejder, som ikke direkte kan henføres til bygningens enkelte lokaler, kan fradrages efter forholdet mellem etagearealet af virksomhedens lokaler og bygningens samlede etageareal.
Stk. 5. Afgift vedrørende anlæg, reparation og vedligeholdelse og lign. af anden fast ejendom end bygninger kan fradrages med en andel, som opgøres efter reglerne i § 38, stk. 1 eller 2, jf. dog § 40, stk. 1."
Der findes ikke en tilsvarende bestemmelse i momssystemdirektivet. Den bagvedliggende direktivbestemmelse for ML § 39 findes i momssystemdirektivets artikel 173, stk. 2, litra c, der har følgende ordlyd:
"Stk. 2. Medlemsstaterne kan træffe følgende foranstaltninger:
c) give den afgiftspligtige person tilladelse til eller pålægge ham at foretage fradraget under hensyntagen til, hvordan samtlige eller en del af varerne og ydelserne benyttes".
ML § 39 kan opretholdes efter standstill-bestemmelsen i momssystemdirektivets artikel 176. Bestemmelsen giver Danmark mulighed for at opretholde visse regler, der var gældende på det tidspunkt, hvor det sjette momsdirektiv trådte i kraft.
Med direktiv 2009/162/EU af 22. december 2009 blev der indført en ny regel (artikel 168a) om momsfradrag for fast ejendom, som anvendes blandet til erhvervsformål og private formål. Direktivet har virkning fra 1.1.2011.
Momssystemdirektivet artikel 168a har følgende ordlyd:
"1. Hvis der er tale om fast ejendom, der indgår i en afgiftspligtig persons erhvervsaktiver, og som anvendes til både den afgiftspligtige persons erhvervsformål og hans eget eller hans personales private brug, eller mere generelt til andre ikke-erhvervsmæssige formål, er der kun fradragsret for moms på udgifter i forbindelse med denne ejendom i overensstemmelse med principperne i artikel 167, 168, 169 og 173 for så vidt angår den del, der modsvarer ejendommens anvendelse til den afgiftspligtige persons erhvervsformål.
Uanset artikel 26 tages der hensyn til ændringer i omfanget af anvendelsen af fast ejendom, jf. første afsnit, i overensstemmelse med principperne i artikel 184-192 som anvendt i den pågældende medlemsstat.
2. Medlemsstaterne kan også anvende stk. 1 i forbindelse med moms på udgifter til andre varer, der indgår i de erhvervsaktiver, som de specificerer."
ML § 40, stk. 1 har følgende ordlyd:
"Afgift vedrørende vedligeholdelse af veje, der benyttes ved tilkørsel til en registreret landbrugsvirksomheds beboelsesbygninger og til virksomhedens driftsbygninger, kan fradrages med to tredjedele."
ML § 40 har ikke direkte hjemmel i momssystemdirektivet. Dog kan ML § 40, stk. 1 opretholdes efter standstill-bestemmelsen i momssystemdirektivets artikel 176. Bestemmelsen giver Danmark mulighed for at opretholde visse regler, der var gældende på det tidspunkt, hvor det sjette momsdirektiv trådte i kraft.
Momssystemdirektivets artikel 176 har følgende ordlyd:
"Rådet fastsætter med enstemmighed på forslag af Kommissionen de udgifter, der ikke giver ret til fradrag af momsen. Under alle omstændigheder giver udgifter, der ikke er af streng erhvervsmæssig karakter, som f.eks. udgifter til luksusforbrug, underholdning eller repræsentation, ikke adgang til fradrag.
Indtil de i stk. 1 omhandlede bestemmelser træder i kraft, kan medlemsstaterne opretholde alle de undtagelser, som var gældende i henhold til deres nationale lovgivning pr. 1. januar 1979 eller for de medlemsstater, som er tiltrådt Fællesskabet efter denne dato, på datoen for deres tiltrædelse."