Ved et rederis overgang fra beskatning under tonnageskatteordningen til beskatning efter de almindelige regler udgør det fremtidige afskrivningsgrundlag summen af eksisterende overgangssaldi og udligningssaldi.

Hvis et rederi før udløbet af den 10-årige bindingsperiode ophører med at drive virksomhed, som kan omfattes af tonnageskatteloven, og i stedet begynder at drive anden virksomhed, vil der være tale om overgang fra tonnagebeskatning til almindelig beskatning.

Rederiet vil dog stadig være omfattet af den resterende bindingsperiode. Hvis rederiet påbegynder rederivirksomhed igen, vil det således være omfattet af tonnageskatteordningen for den resterende bindingsperiode.

Aktiver, som er omfattet af tonnageskatteordningen, men som ikke er omfattet af overgangs- eller udligningssaldi, herunder bygninger og installationer, skal anses for maksimalt nedskrevet efter afskrivningslovens bestemmelser i de år, rederiet har været omfattet af tonnageskatteordningen.