Ligningsrådet er klageinstans i sager om:
  • afskrivningslovens § 52, stk. 2 (efterfølgende afskrivninger),
  • fondsbeskatningslovens § 4, stk. 8 (efterfølgende fondshenlæggelser),
  • husdyrbesætningslovens § 5, stk. 2 (efterfølgende nedskrivning på husdyrbesætninger),
  • varelagerlovens § 7, stk. 2 (efterfølgende varelagernedskrivning til og med 1997)
  • SSL § 37 C (omgørelse)
  • selskabsskattelovens § 31 (sambeskatning), jf. TSS-cirkulære nr. 1999-46 (omtrykt den 16. marts 2000)
  • Told- og Skattestyrelsens afgørelser efter sagsudlægningsbekendtgørelsens § 10 og § 11, stk. 2 om de selskaber, der lignes af Told- og Skattestyrelsen, jf. TSS-cirkulære nr. 2000-12.
  • Afgørelser der er truffet efter bemyndigelse fra Ligningsrådet, medmindre andet er fastsat ved lov. Se afsnit H.1.1.2.
Derimod er Ligningsrådet ikke klageinstans i ansættelsessager.
Klagefrist Klagen skal indgivet inden 3 måneder, jf. sagsudlægningsbekendtgørelsens § 16. Denne frist gælder dog kun for de sager, der er omfattet af sagsudlægningsbekendtgørelsen. Der er ingen klagefrist i de sager, hvor Ligningsrådet selv har udlagt bemyndigelsen.
Krav til klagen Klagen skal stiles til Ligningsrådet og indsendes til Told- og Skattestyrelsen, Østbanegade 123, 2100 København Ø.
Klage over afgørelser truffet af en told- og skatteregion, der er skatteansættende myndighed, stiles til Ligningsrådet og indsendes til Told- og Skattestyrelsen, jf. TSS-cirkulære nr. 1999-46 (omtrykt 16. marts 2000).
Klage over nægtet sambeskatning skal stiles til Ligningsrådet og indsendes til den told- og skatteregion, hvorunder moderselskabet hører. Hvis afgørelsen er truffet af Københavns eller Frederiksberg kommuner skal klagen over den nægtede sambeskatning stiles til Ligningsrådet og indsendes til henholdsvis Told- og Skatteregion København eller Told- og Skatteregion Frederiksberg.
Sagsbehandling når klage er indgivet Når Told- og Skattestyrelsen modtager en klage, skal styrelsen som sekretariat for Ligningsrådet hurtigst muligt behandle sagen, herunder udarbejde forreferat til Ligningsrådet.
Ligningsrådets afgørelse i konkrete sager træffes ved en kendelse. Rådets afgørelser træffes på møder, som ikke er offentlige. For at Ligningsrådet kan afsige kendelse, skal mindst 3 medlemmer deltage i afgørelsen. Formanden skal deltage i alle afgørelser. I tilfælde af stemmelighed er formandens stemme afgørende. Kendelsen tilsendes den private part og alle øvrige vedkommende - herunder de berørte skattemyndigheder. For Ligningsrådets sagsbehandling gælder i øvrigt samme regler om sagsfremstilling, begrundelse, klagevejledning og klagefrister som for told- og skatteforvaltningens og skatteankenævnenes afgørelser, jf. afsnit E.  
Personligt fremmøde Har en skattepligtig en sag, der skal behandles i Ligningsrådet, har den skattepligtige og hans eventuelle repræsentant mulighed for mundtligt at forelægge sagen for Ligningsrådet, jf. forretningsordenen § 8, 2. pkt. Hvis den skattepligtige skal foretræde for Ligningsrådet, indledes mødet med, at den skattepligtige (eller dennes rådgiver) kort redegør for sine synspunkter om sagen. Ligningsrådets medlemmer har gennemgået sagen på forhånd, så en gennemgang af sagens faktiske omstændigheder er derfor ikke nødvendig. Herudover stiller Ligningsrådet evt. spørgsmål til den skattepligtige om sagen. Ligningsrådets afgørelse vil herefter blive sendt til den skattepligtige senest 1 uge efter ligningsrådsmødet.
Efter forretningsordenen § 9, stk. 2 er det rådet, der beslutter, om den skattepligtige skal have adgang til at forelægge sagen mundtligt for en beslutningsdygtig del af rådet. Formanden kan selv beslutte, om en anmodning kan imødekommes, hvorimod rådet træffer beslutning, hvis der bliver tale om at nægte et personligt fremmøde.
Hvis en skattepligtig har anmodet om foretræde for rådet, og dette er afslået, skal begrundelsen herfor nævnes i kendelsen.
Ifølge forretningsordenens § 9, stk. 3 kan Ligningsrådet opfordre en skattepligtig til at give møde. I så fald skal indkaldelse til mødet ske med mindst 1 måneds varsel, jf. forretningsordenens § 9, stk. 4.
I tilfælde, hvor der skal holdes møde med den skattepligtige, kan rådet indkalde den skattemyndighed, hvis afgørelse ønskes ændret, jf. forretningsordenens § 9, stk. 3, 2. pkt.