Skattelovgivningens almindelige regler finder anvendelse med hensyn til momsens betydning for indtægter og udgifter i forbindelse med varekøb og -salg.   

Efterbetaling eller tilbagebetaling af moms skal som udgangspunkt beskattes i det år, hvor der er opstået en retlig forpligtelse for den erhvervsdrivende eller told- og skattemyndigheden til at betale beløbet. Se Skat 1990.10.793, (TfS 1990, 454) hvor direktiver fra EF medførte, at udlejningsvirksomheden ikke var momspligtig. Landsskatteretten fandt, at efterbeskatning af hensatte momsbeløb som påstået af virksomheden og indstillet af Told- og Skattestyrelsen skulle foretages på tidspunktet for de nye direktiver og ikke i hensættelsesårene. Fradragene i hensættelsesårene kunne således opretholdes.   

Imidlertid bør skattemyndighederne imødekomme de erhvervsdrivende, der ønsker momsen henført til skatteansættelsen for det indkomstår, som momsen vedrører, dvs. til det år, hvor momsen ville have haft indflydelse på indkomstopgørelsen, hvis momsen havde været beregnet korrekt, ØLD af 30. nov. 1979 i skd. 54.248. Se også TfS 1995, 227, der vedrørte ejendomsskatter. Hjemmelen herfor er SSL § 4, stk. 1 og 2. For indkomståret 1999 og tidligere anvendes dog de dagældende regler, hvis disse er til gunst for skatteyderen. Reglerne om ekstraordinær genoptagelse af skatteansættelsen er nærmere beskrevet i Procesvejledningen 2003 afsnit G.3.

Om beskatning i forbindelse med tilbagebetaling af kantinemoms se TSS-cirkulære 2001-07 punkt 20 og 21.

Særligt vedrørende motorkøretøjerI momsloven er der en begrænsning i retten til at fradrage købsmomsen ved indkøb af almindelige personbiler (hvorved forstås biler til højst 9 personer) og motorcykler. Dette gælder både moms af købesum, lejebeløb og driftsudgifter, også selv om køretøjet udelukkende anvendes erhvervsmæssigt, jf. dog nedenfor.

Dette medfører, at der vil kunne foretages fradrag ved indkomstopgørelsen for den erhvervsmæssige andel af momsen på drifts- og lejeudgifter, medens momsen ved køb af bil mv. må medregnes i den anskaffelsessum, der lægges til grund ved afskrivning på køretøjet.

Der henvises i øvrigt til Momsvejledningens afsnit Q.2.