Det følger af AL § 45, stk. 4, at det såvel er fastsættelsen af den samlede overdragelsessum som fordelingen heraf på de enkelte aktiver, der i mangel af aftale mellem parterne fastsættes af skattemyndighederne.

Det er i AL § 45, stk. 4. 1. pkt., fastsat, at afgørelsen om den samlede salgssum og fordelingen af denne på de enkelte aktiver træffes af den skatteansættende myndighed for sælger, der i øvrigt foretager skatteansættelsen af sælger for det pågældende indkomstår, med direkte bindende virkning for skatteansættelsen for køber. Er der flere sælgere, og har disse den samme skatteansættende myndighed, træffer den skatteansættende myndighed efter 1. pkt. afgørelse om såvel salgssummen som fordelingen med direkte bindende virkning for alle sælgere. Er der flere købere, og har disse forskellige skatteansættende myndigheder, træffer den skatteansættende myndighed for sælger ligeledes bindende afgørelse om salgssummen og fordelingen med direkte bindende virkning for alle købere. Det er kun afgørelsen vedrørende den samlede overdragelsessum og fordelingen af denne på de relevante aktiver, hvor den skatteansættende myndighed for sælger skal træffe afgørelse med direkte bindende virkning for køber.

Den fordeling, som den skatteansættende myndighed foretager, vil - ligesom når parterne selv har foretaget fordelingen - blive lagt til grund ved opgørelsen af sælgers afståelsessum henholdsvis købers anskaffelsessum for de overdragne aktiver. Den skatteansættende myndighed skal fremover selvstændigt fastsætte handelsværdien for de overdragne afskrivningsberettigede bygninger m.v. Det betyder, at der ikke blot kan lægges vægt på oplysninger fra vurderingssystemet, f.eks. den byggetekniske værdi.

Den byggetekniske værdi kan ikke i almindelighed antages at være udtryk for bygningens handelsværdi. Dette betyder, at den byggetekniske værdi ikke pr. definition kan anses for et passende udtryk for handelsværdien. Men omvendt betyder det ikke, at den byggetekniske værdi aldrig kan anses for et passende udtryk for handelsværdien. En oplysning om den byggetekniske værdi kan indgå som et af flere kriterier ved skattemyndighedernes fastsættelse af handelsværdien.

Den skatteansættende myndighed kan til brug for fordelingen af en samlet overdragelsessum eventuelt hente bistand fra de regionale told- og skattemyndigheder. I øvrigt vil den skatteansættende myndighed ved fordelingen eventuelt også kunne lade relevante oplysninger fra eksempelvis realkreditinstitutter, pengeinstitutter, ejendomsmæglere og forsikringsselskaber om overdragne bygninger indgå. Da der er tale om fordeling af et samlet vederlag, skal handelen anskues som en helhed. Dette indebærer, at der i forbindelse med opgørelsen af handelsværdien for de enkelte aktiver omfattet af overdragelsen må tages hensyn til den samlede overdragelsessum i det omfang, denne kan godkendes i skattemæssig henseende. Der kan således ikke for enkelte aktiver foretages en opgørelse af handelsværdien, som er uafhængig af den samlede overdragelsessum, hvorefter den resterende del af overdragelsessummen fordeles mellem de øvrige aktiver omfattet af overdragelsen. Hvis f.eks. en fast ejendom bestående af en afskrivningsberettiget bygning og jord handles mellem uafhængige parter til 1.000.000 kr., og skattemyndighederne antager, at jorden i ubebygget stand ville kunne indbringe 1.000.000 kr., betyder dette ikke, at vederlaget for bygningen kan ansættes til 0 kr., hvis bygningen må antages at have en værdi for køber. Der må i denne situation foretages en rimelig fordeling af det samlede vederlag på 1.000.000 kr. mellem jorden og bygningen.

Det er i AL § 45, stk. 4, 2. pkt., fastsat, at er der mere end én sælger, og har disse ikke den samme skatteansættende myndighed, eller er sælger ikke skattepligtig til Danmark, bestemmer skatteministeren, hvilken skatteansættende myndighed, der skal træffe afgørelsen. I bekendtgørelse nr. 507 af 7. juni 2000 om fastsættelse af skattemyndighed efter afskrivningsloven og ejendomsavancebeskatningsloven er der fastsat nærmere regler for hvilken skattemyndighed, der i forskellige situationer skal træffe afgørelsen. Det følger af bestemmelsen i AL § 45, stk. 5, 1. pkt., at afgørelse vedrørende den samlede salgssum og fordelingen efter stk. 4, ikke kan foretages uden forudgående høring af den eller de skatteansættende myndigheder, der i øvrigt foretager skatteansættelsen af sælger eller køber for det pågældende indkomstår.

Efter AL § 45, stk. 5, 2. pkt., er den skatteansættende myndigheds afgørelse direkte bindende for såvel køber som sælger. Afgørelsen har karakter af en forvaltningsafgørelse, hvilket indebærer, at såvel sælger som køber har partsbeføjelser efter forvaltningsloven, herunder krav på partshøring. Efter SSL § 3, stk. 4, skal sælgers skattemyndighed underrette køber om den påtænkte ændring med en frist for køber til at udtale sig herom. Det følger endvidere af AL § 45, stk. 5, 3. pkt., at den skatteansættende myndigheds afgørelse vedrørende fastsættelsen af den samlede salgssum og fordelingen på de enkelte aktiver af både sælger og køber kan påklages efter de samme regler, som dem der gælder for klage over ansættelser foretaget af den pågældende skattemyndighed.

Hvis den skatteansættende myndighed for sælger er en kommunal skattemyndighed, skal skatteankenævnet i sælgers kommune behandle en klage fra køber eller fra en af de øvrige sælgere over fastsættelsen af den samlede salgssum eller fordelingen på de enkelte aktiver som nævnt i AL § 45, stk. 2. Dette gælder, selv om klager er et selskab. Der sker herved en fravigelse fra reglerne i SSL § 12 A. I øvrige tilfælde, dvs. hvor sælgerens skatteansættende myndighed ikke er en kommunal skatteansættende myndighed, behandler Landsskatteretten en klage fra køber eller en af de øvrige sælgere over den skatteansættende myndigheds afgørelse (dvs. told- og skattemyndighedernes) vedrørende fordelingen. Dette gælder, selv om køberen eller de øvrige sælgere er en fysisk person. Da det er sælgerens skatteansættende myndighed, der har truffet afgørelse med bindende virkning for køber eller de øvrige sælgere, er det sælgerens skatteansættende myndighed, der er bestemmende for, hvem køber eller de øvrige sælgere skal klage til.