Komplementaren kan ikke udnytte de skattemæssige afskrivninger, som kommanditisten i kraft af hæftelsesbegrænsningen ikke har fradrag for, idet komplementarens afskrivningsret alene hviler på hans egen ejerpart. Kommanditistens ejerpart kan således ikke i kraft af hæftelsesbegrænsningen overføres til komplementarens afskrivningsgrundlag og dermed til hans beregningsgrundlag med hensyn til skattemæssige afskrivninger.

Der kan ikke stilles krav om, at komplementaren skal have ejerandel i kommanditselskabet som betingelse for at anerkende kommanditselskabet skatteretligt, TfS 1998, 742 DEP.

• SKM2002.386.LSR. Et komplementarselskab, der ikke havde haft medejendomsret i kommanditselskabet, blev ikke anset for berettiget til fradrag for nettotab ved realisation af kommanditselskabets afskrivningsberettigede aktiver i forbindelse med likvidation.
  
• SKM2002.567.VLR. Komplementaren er omfattet af udtrykket "andre deltagere" i Ligningsrådets anvisning om fradragsbegrænsning for kommanditister, se afsnit E.F.2.2.1 (c) om kommanditisters medhæftelse for selskabsgæld.
  
  En skatteyder havde deltaget i et kommanditselskab som enekommanditist, samtidig med at han ejede hele anpartskapitalen i komplementarselskabet.Efter kommanditselskabets vedtægter havde skatteyderen regres mod komplementaren for kautionstab. Skatteyderen opgav at gøre regres imod komplementaren, da kravet var uerholdeligt.

Efter Ligningsrådets anvisning om fradragsbegrænsning for kommanditister, pkt. (c), er der alene fradrag på fradragskontoen for forpligtelser som følge af en kommanditists medhæftelse som selvskyldner, hvis forpligtelsen endeligt påhviler kommanditisten uden regres til andre deltagere. Skatteyderen fik ikke medhold i, at begrebet "deltagere" i anvisningen ikke omfattede komplementarer. Landsretten anså det endvidere ikke for godtgjort, at skatteyderen havde frafaldet retten til regres, inden kautionsforpligtelsen blev aktuel, og skatteyderen fik herefter ikke fradrag for kautionstabet på fradragskontoen.

Egentlige driftsunderskud, som kommanditisten ikke kan fradrage på grund af fradragsbegrænsningen, kan komplementaren fradrage ved indkomstopgørelsen, såfremt kommanditistens kapitalkonto er negativ. Hvis det er aftalt imellem parterne, at komplementaren definitivt skal bære et sådant underskud, indebærer det, at kommanditistens kapitalkonto ikke skal debiteres for underskudsparter i det omfang, den derved bliver negativ. Selv om en sådan aftale ikke eksisterer, dvs. at kommanditisten med henblik på senere udligning debiteres for en underskudspart, der gør hans kapitalkonto negativ, kan komplementaren, der udadtil hæfter for den del af underskuddet, som kommanditisten ikke hæfter for, udnytte dette underskud skattemæssigt.

Fremkommer der senere overskud, skal komplementaren beskattes af så stor en del af kommanditistens overskudspart, som svarer til den af komplementaren udnyttede del af kommanditistens underskudsandel - dvs. udligning af kommanditistens negative kapitalkonto op til nul.