Opstår en uoverensstemmelse om den skattemæssige behandling af en grænseoverskridende kontrolleret transaktion mellem to EU-lande, kan der i stedet for den gensidige aftaleprocedure, jf. afsnit S.I.2.13.1 ovenfor, henvises til EF-voldgiftskonventionen. I modsætning til den gensidige aftaleprocedure er der ved anvendelsen af voldgiftskonventionen sikkerhed for, at en dobbeltbeskatningssituation ophæves. Konventionen trådte i kraft den 1. januar 1995 for en 5-årig periode, og i overensstemmelse med protokol af 25. maj 1999 er vedtaget en forlængelse af EF-voldgiftskonventionen i yderligere 5 år med automatisk forlængelse herefter, gældende fra den 1. januar 2000, jf. Lov nr. 171 af 15. marts 2000. Forlængelsen af konventionen træder imidlertid først i kraft den første dag i tredje måned efter, at den sidste af staterne tiltræder protokollen. Endnu har ikke alle staterne ratificeret protokollen, så konventionen er på nuværende tidspunkt ikke i kraft. Skatteydere kan dog anmode om behandling af en dobbeltbeskatningssag under voldgiftsproceduren alligevel - eventuelt sammen med en anmodning om iværksættelse af den gensidige aftaleprocedure, jf. afsnit S.I.2.13.1 - men anmodningen vil først få virkning fra voldgiftskonventionens ikrafttrædelse.

EF-voldgiftskonventionen omhandler foretagender samt faste driftssteder, hvorefter de fleste i praksis forekommende situationer vil være omfattet. Konventionen omhandler dog ikke fysiske personer, så selvom en dansk hovedaktionærs udlån til et selskab i udlandet vil være omfattet af reglerne i SKL § 3 B, vil forholdet ikke kunne anses for omfattet af reglerne i EF-voldgiftskonventionen (med mindre udlånet eksempelvis foretages i forbindelse med selvstændig erhvervsvirksomhed i Danmark).

Ifølge EF-voldgiftskonventionen er landene forpligtede til at forsøge at undgå dobbeltbeskatning via en gensidig aftaleprocedure. Såfremt landene ikke kan nå til en aftale om at ophæve dobbeltbeskatningen inden 2 år fra den dato, hvor en af de berørte parter forelagde sagen for en af de kompetente myndigheder, er myndighederne forpligtede til at nedsætte et rådgivende udvalg. Det rådgivende udvalg afgiver sin udtalelse om fordelingen af indtægter og udgifter senest 6 måneder fra den dag, hvor sagen blev forelagt udvalget. De involverede myndigheder har herefter 6 måneder til at træffe en afgørelse, som ophæver dobbeltbeskatningen. Såfremt der ikke inden for denne 6 måneders periode opnås enighed om fordelingen af indtægter og udgifter, bliver det rådgivende udvalgs udtalelse endelig.

Spørgsmålet om, hvorvidt armslængdeprincippet er blevet overholdt i forbindelse med en skattemæssig korrektion, skal indbringes for den kompetente myndighed i den stat, hvor foretagendet er hjemmehørende. Told- og Skattestyrelsen, Kontoret for International Selskabsbeskatning, er den kompetente myndighed i Danmark. Sagen skal være indbragt senest 3 år efter, at foretagendet har fået første underretning om transfer pricing reguleringen, jf. artikel 6 i EF-voldgiftkonventionen. I Danmark regnes agterskrivelsen som den første underretning. Sker den primære regulering i udlandet, kan man i tvivlstilfælde tage udgangspunkt i, hvornår den udenlandske part har fået besked, og derefter gå ud fra denne dato med tillæg af eksempelvis en uge. 

I protokol af 25. maj 1999 bestemmes, at i perioden indtil konventionen igen træder i kraft, er 3-årsfristen for skatteyders anmodning om behandling efter konventionens regler suspenderet. Fristen forlænges med andre ord med den mellemperiode, som løber mellem 1. januar 2000 og konventionens ikrafttræden. Det vil være muligt for skatteydere at anmode om voldgiftsbehandling i mellemperioden, men den 2-års frist, som de kompetente myndigheder har til at forhandle en løsning om ophævelse af dobbeltbeskatningen inden det rådgivende udvalg skal nedsættes, løber først fra konventionens ikrafttrædelse.