SEL § 5 B indeholder regler om overgang fra skattepligt efter SEL § 1, stk. 1, nr. 3 til skattepligt efter andre regler i SEL § 1, bortset fra SEL § 1, stk. 1, nr. 6. Dvs., at SEL § 5 B indeholder regler om overgang fra kooperationsbeskatning til almindelige indkomstbeskatning. SEL § 5 B finder tilsvarende anvendelse ved overgang fra skattepligt efter SEL § 1, stk. 1, nr. 3 til skattepligt efter FBL § 1, jf. FBL § 2, stk. 4.

Det karakteristiske ved sådan overgang er, at foreningen forinden overgangen beskattes som indkøbsforening eller produktions- og salgsforening af en indkomst opgjort som en procentdel af formuen, medens indkomsten efter overgangen opgøres efter de almindelige regler om indkomstopgørelse. Her foreligger således den omvendte situation af den, som er omtalt under afsnit S.B.3.1. Foreningen har hidtil baseret sin skattepligtige indkomst på en formueopgørelse, men skal i fremtiden beskattes af en indkomst, der opgøres med grundlag i et driftsregnskab.

Overgangen får først virkning for selskabets eller foreningens m.v. skattepligt fra udløbet af det pågældende indkomstår, jf. SEL § 5 B, stk. 1. Ved en sådan overgang finder reglerne i SEL § 5 D om fastsættelse af indgangsværdier m.v. tilsvarende anvendelse, jf. SEL § 5 B, stk. 2. Se afsnit S.B.3.4 om SEL § 5 D.

Efter FBL § 2, stk. 4 får en overgang fra beskatning efter SEL § 1, stk. 1, nr. 3 til beskatning efter fondsbeskatningsloven ligeledes først virkning fra udløbet af det pågældende indkomstår. I denne situation finder FBL § 22 og SEL § 5 D ligeledes tilsvarende anvendelse.

Det påhviler bestyrelsen for foreningen, der beskattes efter SEL § 1, stk. 1, nr. 3, samtidig med indgivelsen af selvangivelsen at oplyse de ændringer, der i regnskabsåret er sket i foreningens virksomhed eller i dens vedtægtsbestemmelser om formål, overskudsdeling eller opløsning, ligesom bestyrelsen skal oplyse, såfremt foreningens omsætning med ikke-medlemmer udgør mere end 25 pct. af den samlede omsætning, jf. SEL § 5 B, stk. 7. Overgangsbeskatning Efter SEL § 5 B vil andelsselskabet blive undergivet en særlig overgangsbeskatning. Ved overgangen skal der således ske en opgørelse af den formue, som er opsamlet i selskabet eller foreningen m.v. under beskatningen efter SEL § 1, stk. 1, nr. 3 eller en tilsvarende beskatning. Beløbet opgøres som handelsværdien af selskabets eller foreningens aktiver og passiver ved overgangen fratrukket en eventuelt indbetalt andelskapital. Såfremt selskabet eller foreningen tidligere har været beskattet efter andre regler i SEL § 1, opgøres beløbet som differencen mellem handelsværdien af selskabets eller foreningens aktiver og passiver ved overgangen og handelsværdien ved indtræden af beskatning efter SEL § 1, stk. 1, nr. 3. Fra handelsværdien fratrækkes en eventuelt indbetalt andelskapital. Beløbet skal angives ved selvangivelsen for overgangsåret.

Det opgjorte beløb er skattepligtig indkomst for selskabet eller foreningen m.v. Beløbet beskattes med 50 pct., jf. SEL § 19, stk. 2. Da udlodningerne beskattes i selskabet, er de skattefri for modtagerne, jf. LL §§ 16 A, stk. 4 og 16 B, stk. 4. Efter SEL § 5 B, stk. 4, 2. og 3. pkt. indtræder beskatningen dog først i takt med, at selskabet eller foreningen efter overgangen foretager udlodninger som nævnt i LL § 16 A, foretager udlodning af likvidationsprovenu i det kalenderår, hvori selskabet eller foreningen m.v. endeligt opløses, eller betaler for erhvervelse af egne udstedte andelsbeviser. Udlodninger m.v., der foretages efter overgangen, anses i første række at hidrøre fra det opgjorte beløb, jf. SEL § 5 B, stk. 4.

Told- og Skattestyrelsen har i meddelelsen, der er offentliggjort i SKM2002.449.TSS, udtalt sig om administrationen af overgangsbeskatningen efter SEL § 5 B, herunder den særskilte beregning og opkrævning.

Ved selvangivelsen skal selskabet eller foreningen m.v. give oplysning om den del af beløbet, der endnu ikke er beskattet, jf. SEL § 5 B, stk. 5.

Det er ikke muligt at modregne efterfølgende underskud i aktieselskabet i det beløb, der skal overgangsbeskattes.

Ved en senere overgang som nævnt i SEL § 5 A ophører beskatningen af det opgjorte beløb. Beskatningen af den resterende del af beløbet indtræder dog på ny, såfremt der senere sker overgang efter SEL § 5 B, en fusion som nævnt i FUL § 12, stk. 1, nr. 3 eller en omdannelse som nævnt i FUL § 14 e. (se herom afsnit S.D.1.11.1 og afsnit S.D.1.11.7).

Fra praksis om SEL § 5 B kan følgende kendelse fra Landsskatteretten nævnes:

SKM2001.280.LSR. En andelsforening, der i 1995 var overgået fra beskatning efter SEL § 1, stk. 1, nr. 3, til beskatning efter SEL § 1, stk. 1, nr. 4, var trådt i likvidation. I forbindelse med overgangen var formuen efter SEL § 5 B, stk. 3, opgjort til ca. 29 mio. kr., og på tidspunktet for likvidationen var formuen reduceret til ca. 11 mio. kr. Landsskatteretten fandt, at der ved udlodningen i forbindelse med likvidationen alene skal betales skat efter SEL § 5 B, stk. 4, i det omfang, der sker udlodninger. Det er derfor de faktiske udlodninger og ikke den ved overgangen opgjorte formue, der udgør foreningens skattepligtige indkomst, jf. SEL § 5 B, stk. 4.

Overgang til beskatning efter SEL § 1, stk. 1, nr. 4 De ovenfor i nærværende afsnit anførte regler om i hvilken takt det opgjorte beløb beskattes (SEL § 5 B, stk. 4, 2. og 3. pkt.) finder ikke anvendelse, i det omfang en forening omfattet af SEL § 1, stk. 1, nr. 4, foretager udlodninger som nævnt i LL § 16 A, som ikke overstiger foreningens skattepligtige indkomst efter skat i det forudgående indkomstår, jf. SEL § 5 B, stk. 8, 1. pkt. Det vil i disse tilfælde sige, at der ikke sker nogen beskatning af foreningen. Foretages udlodninger derudover eller andre udlodninger end nævnt i LL § 16 A, foretages en beskatning  af disse foreninger efter SEL § 5 B, stk. 4, 2. og 3. pkt. - det vil sige beskatning af foreningen med 50 pct.

Det påhviler bestyrelsen for en forening, der beskattes efter SEL § 1, stk. 1, nr. 4, samtidig med indgivelsen af selvangivelsen at oplyse, i hvilket omfang foretagne udlodninger skal eller ikke skal beskattes, jf. SEL § 5 B, stk. 9.

Fra og med det første indkomstår, hvor de ændrede skattepligtsforhold har virkning (overgangsåret), kan foreningen med virkning for indkomstopgørelsen anvende de almindelige gældende regler om afskrivninger, m.v.