SEL § 5 A indeholder regler om overgang fra skattepligt efter SEL § 1, stk. 1, nr. 1-2f eller 3a-6 , til skattepligt efter SEL § 1, stk. 1, nr. 3 . Dvs., at SEL § 5 A indeholder regler om overgang fra almindelig indkomstbeskatning til kooperationsbeskatning.

SEL § 5 A finder også anvendelse på fonde og foreningers overgang fra skattepligt efter FBL § 1 til skattepligt efter SEL § 1, stk. 1, nr. 3 , jf. FBL § 2, stk. 3. Se afsnit S.H.8. For foreninger, der overgår fra foreningsbeskatning efter SEL § 1, stk. 1, nr. 6 til kooperationsbeskatning efter SEL § 1, stk. 1, nr. 3, finder SEL § 5 A tilsvarende anvendelse, jf. SEL § 35 L.

Det karakteristiske ved overgang til kooperationsbeskatning  efter SEL § 1, stk. 1, nr. 3 er, at selskabet eller foreningen m.v. forinden overgangen beskattes af en indkomst opgjort efter de almindelige regler om indkomstopgørelse, medens det efter overgangen beskattes af en indkomst opgjort som en procentdel af formuen ved indkomstårets udgang, jf. SEL § 14, stk. 1.

Selskabet har før overgangen kunnet foretage skattemæssige afskrivninger i overensstemmelse med reglerne i afskrivningsloven. Efter overgangen vil selskabets skattemæssige afskrivninger på maskiner, inventar og lign. driftsmidler kun påvirke den formuemæssige værdi af disse aktiver og vil således indirekte medføre reduktion af den skattepligtige indkomst.

Tidspunkt for overgangen Skattepligten efter de hidtidige regler fortsætter indtil tidspunktet for overgangen, jf. SEL § 5 A, stk. 1, 1. pkt. Kooperationsbeskatningen indtræder således på det tidspunkt, hvor selskabet eller foreningen m.v. ændrer skatteretlig status til en andelsforening og opfylder betingelserne i SEL § 1, stk. 1, nr. 3, jf. stk. 2 og 3. For foreninger omfattet af SEL § 1, stk. 1, nr. 4 fortsætter skattepligten dog indtil udgangen af det indkomstår, i hvilket overgangen er sket, jf. SEL § 5 A, stk. 1, 2. pkt. Det afhænger af en konkret vurdering, hvornår statusskiftet sker, men det vil typisk være tidspunktet for selskabets eller foreningens kompetente organers beslutning om overgangen. I mangel af en formel beslutning, kan der efter en konkret vurdering lægges vægt på den juridiske persons faktiske virke. Har selskabet m.v. bagudforskudt indkomstår, og finder overgangen sted efter det sædvanlige indkomstårs udløb, men inden vedkommende kalenderårs udløb, udgør det sidste indkomstår hele perioden fra indkomstårets begyndelse, og indtil overgangen finder sted, jf. SEL § 5, stk. 2, jf. § 5 A, stk. 1, 3. pkt. Overgang til kooperationsbeskatning sidestilles med ophør af virksomhed, jf. SEL § 5 A, stk. 3. Selskabet skal således ved opgørelsen af sin indkomst medregne fortjeneste eller tab på de formuegoder, som selskabet er i besiddelse af ved ophøret af sin hidtidige skattepligtige virksomhed, idet formuegoderne skal betragtes som solgt til handelsværdien ved overgangen.

Beskatningen som kooperativ virksomhed finder første gang sted for det indkomstår, der begynder efter overgangen til kooperationsbeskatning.

Det følger af SEL § 5 A, stk. 2, at selskabets m.v. bestyrelse, inden 1 måned efter den ændring, der medfører overgangen til kooperationsbeskatning, skal indsende en anmeldelse om overgangen ledsaget af en opgørelse af indkomsten for det afsluttende indkomstår til den skatteansættende myndighed. Om indsendelse af anmeldelse, se i det hele SEL § 5, stk. 3, hvortil der henvises i SEL § 5 A, stk. 2 samt afsnit S.B.2.1. Anmeldelses- og opgørelsespligten er også foreskrevet, hvor ændringen sker før begyndelsen af det indkomstår, for hvilket selskabet m.v. første gang skal skatteansættes efter SEL § 4. Den ekstraordinære ansættelse omfatter i dette tilfælde det tidsrum, der løber fra selskabets m.v. påbegyndelse af skattepligtig virksomhed, og indtil ændringen er sket.