Efter FBL § 15, stk. 1, finder selskabsskattelovens regler om ligning og opkrævning tilsvarende anvendelse på fonde og foreninger omfattet af fondsbeskatningsloven. Bestemmelserne herom findes i selskabsskattelovens afsnit V (SEL §§ 25-30C). Reglerne om selvangivelse findes i skattekontrollovens afsnit I (SKL §§ 1-5).
Told- og skatteforvaltningen foretager skatteansættelser af indkomst for juridiske personer bortset fra dødsboer, dvs. bl.a. fonde og foreninger omfattet af fondsbeskatningsloven, jf. SSL § 12 A. Der er i henhold til SSL § 38 indgået aftaler med en række kommuner og kommunefællesskaber om udførelsen af ligningen af juridiske personer bortset fra dødsboer. Er en kommune ikke omfattet af en sådan aftale, foretages ligningen af juridiske personer med hjemsted i kommunen af den regionale told- og skattemyndighed, hvorunder kommunen hører. En liste over de skatteansættende myndigheder findes TSS-cirkulære 2003-17. En række nærmere bestemte selskaber m.v. er udtaget til ligning af Told- og Skattestyrelsen. En liste over disse selskaber findes i TSS-cirkulære 2003-15. Afgørelse i 1. instans påklages til Landsskatteretten, jf. SSL § 12 A.

Fonde og foreninger er omfattet af mindstekravsbekendtgørelsen. Fristen for indsendelse af selvangivelse er angivet på selvangivelsen. Denne frist gælder også ved indgivelse af erklæring, jf. afsnit S.H.26. Den omstændighed, at en fond eller en forening ikke får selvangivelsesskema tilsendt, fritager ikke for pligten til at indgive selvangivelse eller for retsvirkningerne af manglende selvangivelse.

Den skat, der efter FBL § 13 udredes til kommunerne, omfatter ikke den afgift, der opkræves efter FBL § 3, stk. 3, 3. pkt. Denne afgift opkræves sammen med skatten pr. 1. november.