Afgrænsningen af, hvilke udgifter der som driftsomkostninger kan fradrages ved opgørelsen af indkomsten efter FBL § 3, skal som udgangspunkt foretages efter de retningslinier, der er gældende ved opgørelsen af aktieselskabers skattepligtige indkomst.
Imidlertid kan der forekomme udgifter, som er nødvendige at afholde af hensyn til fondens eller foreningens virksomhed, uden at udgiften kan anses for direkte at vedrøre indkomsterhvervelsen eller har karakter af en uddeling. I TfS 1999, 494 LSR, har Landsskatteretten således godkendt en fonds fradrag for tab på fordring mod en tidligere forretningsbestyrer, idet fordringen var opstået som følge af forretningsbestyrerens besvigelser overfor fonden. Landsskatteretten indrømmede fradrag efter KGL § 1, uanset om fordringen var erhvervet i tilknytning til den erhvervsmæssige drift af virksomheden. Landsskatteretten godkendte endvidere fradrag for nogle advokatomkostninger, jf. SL § 6, stk. 1, litra a, som fonden havde afholdt i forbindelse med inddrivelsen af ovennævnte fordring. Udgifter, der direkte knytter sig til fondens eller foreningens virksomhed, vil normalt kunne fradrages, uanset om udgiften afholdes af hensyn til indkomsterhvervelsen. Udover sædvanlige erhvervsmæssige udgifter vil således også udgifter forbundet med fonds- eller foreningsvirksomheden kunne fradrages. Som eksempler kan nævnes en stiftelses udgifter til drift af stiftelsens friboliger eller en ikke-erhvervsdrivende forenings omkostninger til kontorhold.
Rejseudgifter ved afholdelse af bestyrelsesmøder i udlandet kan ikke godkendes som driftsomkostninger.
Rejseudgifter i forbindelse med besøg i Danmark af en fondsstifter er derimod godkendt, idet stifterens aktivitet i Danmark havde nær tilknytning til fondens indtægtserhvervelse ved gaver.
Erhvervsdrivende fonde kan fradrage årsafgiften til Erhvervs- og Selskabsstyrelsen ved opgørelsen af den ikke-erhvervsmæssige indkomst. Registreringsafgiften kan fradrages med hjemmel i LL § 8 J.
Afgrænsningen af afskrivningsberettigede udgifter må ligeledes ses i lyset af de særlige investeringer, der foretages af hensyn til fonds- eller foreningsvirksomheden. Dette gælder, selv om denne virksomhed kan karakteriseres som erhvervsmæssig. Hvad bygningsafskrivninger angår, er det dog en forudsætning for skattemæssige afskrivninger, at der er tale om en afskrivningsberettiget bygning, jf. AL § 14.