FBL § 2, stk. 2-4, henviser til SEL §§ 5 A, 5 B, 5 C og 5 D om overgang fra en beskatningsform til en anden. Det bemærkes, at reglerne i SEL §§ 5 A, 5 B, 5 C og 5 D, jf. FBL § 2, stk. 2-4, kun finder anvendelse, hvor ændringen ikke medfører likvidation efterfulgt af nystiftelse, se nærmere afsnit S.B.3.
Overgang til fondsbeskatningVed ændringer i en fond eller forening, som beskattes efter SEL § 1, stk. 1, nr. 1-2a og 3a-6, der bevirker, at fonden eller foreningen for fremtiden skal beskattes efter fondsbeskatningslovens regler, finder SEL § 5 C, stk. 1, anvendelse, jf. FBL § 2, stk. 2, 1. pkt. Herefter sker beskatning efter fondbeskatningslovens regler med virkning fra og med det indkomstår, der efterfølger det indkomstår, hvori ændringen finder sted. Dette kan f.eks. være tilfældet, såfremt aktivmassen for en fond omfattet af SEL § 1, stk. 1, nr. 6, stiger i værdi, således at værdien kommer op over 250.000 kr.    
Overgang til aktieselskabsbeskatningSEL § 5 C, stk. 1, finder efter FBL § 2, stk. 2, 1. pkt., tilsvarende anvendelse ved ændringer i en fond eller forening, som beskattes efter fondsbeskatningsloven, hvis ændringen bevirker, at fonden eller foreningen for fremtiden skal beskattes efter SEL § 1, stk. 1, nr. 1-2a og 3a-5b, dvs. bliver undergivet aktieselskabsbeskatning. Beskatningen efter selskabsskattelovens regler skal ske med virkning fra og med det indkomstår, der efterfølger det indkomstår, hvori ændringen finder sted.    
Overgang til foreningsbeskatning Ved overgang fra beskatning efter fondsbeskatningsloven til beskatning efter SEL § 1, stk. 1, nr. 6 vil overgangen være omfattet af SEL § 5, således at der skal ske ophørsbeskatning. Der henvises til afsnit S.H.7.

SuccessionVed ændringer, der bevirker overgang fra SEL § 1, stk. 1, nr. 1-2a og 3a-6 til beskatning efter fondsbeskatningsloven, succederer fonden m.v. i de anskaffelsessummer, anskaffelsestidspunkter og formål, hvortil formuegoderne oprindeligt var anskaffet, jf. FBL § 2, stk. 2, 2. pkt., jf. SEL § 5 C, stk. 2. Der skal i den situation ikke ske ophørsbeskatning, jf. SEL § 5.    
Beskatning efter andre regler i fondsbeskatningsloven Successionsbestemmelsen i SEL § 5 C, stk. 2 gælder også ved ændringer i en fond eller forening der bevirker, at beskatning fremover skal ske efter andre regler i fondsbeskatningsloven end hidtil, jf. FBL § 2, stk. 2, 3. pkt. Det kan f.eks. være tilfældet, hvor en arbejdsmarkedssammenslutning ændrer status til en brancheforening eller omvendt. De skattemæssige konsekvenser ved en sådan overgang indtræder ved udløbet af det indkomstår, hvori overgangen er sket. For de aktiver og passiver, der ikke hidtil har været undergivet beskatning, finder indgangsværdierne i SEL § 5 D, stk. 2-10 anvendelse. Desuden finder FBL § 22 om femårsfristen til at benytte henlæggelser foretaget af en fond eller forening efter SEL § 3, stk. 3 anvendelse.
Andelsbeskatning Overgang fra beskatning efter fondsbeskatningsloven til beskatning efter SEL § 1, stk. 1, nr. 3, dvs. til andelsbeskatning, sidestilles med opløsning, jf. henvisningen i FBL § 2, stk. 3, til SEL § 5 A. I praksis vil en sådan overgang formentlig kun være relevant for faglige foreninger.
Såfremt en fond eller forening overgår fra beskatning efter SEL § 1, stk. 1, nr. 3, til beskatning efter fondsbeskatningsloven, finder SEL § 5 B, stk. 1, tilsvarende anvendelse, jf. FBL § 2, stk. 4. Beskatning efter fondsbeskatningsloven får således først virkning fra udløbet af det indkomstår, hvori ændringen er indtruffet. SEL § 5 D finder tilsvarende anvendelse.    
Indtræden og udtræden af fondsbeskatningsloven Da det bl.a. afhænger af aktivmassens værdi, om en fond er omfattet af fondsloven eller ej, og dermed også om den er omfattet af fondsbeskatningsloven, kan den situation opstå, at fonden i princippet kan gå ud og ind af fondsbeskatningsloven flere gange inden for samme indkomstår afhængig af f.eks. kursudsvingene.
Overgangsreglerne i selskabsskatteloven medfører dog, at fonden først vil indtræde eller genindtræde i fondsbeskatningsloven med virkning fra det efterfølgende indkomstår, jf. SEL § 5 C. Fonden vil således ikke opleve, at den skattemæssigt i løbet af året skiftevis vil være omfattet af henholdsvis fondsbeskatningsloven og selskabsskatteloven. Der vil endvidere kun kunne ske ophørsbeskatning i medfør af SEL § 5 én gang i løbet af indkomståret.    
Ledelsens sæde Såfremt ledelsens sæde flyttes her til landet, og fonden derfor bliver skattepligtig til Danmark i medfør af FBL § 1, stk. 1, nr. 4, finder bestemmelsen i SEL § 4 A tilsvarende anvendelse, jf. FBL § 2, stk. 5 samt afsnit S.H.4.2. Aktiver og passiver, som ikke i forvejen er omfattet af dansk beskatning, anses efter SEL § 4 A, stk. 1, for anskaffet på det faktiske anskaffelsestidspunkt til handelsværdien på tilflytningstidspunktet. For afskrivningsberettigede aktiver er der i SEL § 4 A, stk. 2, indsat særlige regler for fastsættelse af indgangsværdier. Afskrivningsberettigede aktiver anses for erhvervet på det faktiske anskaffelsestidspunkt til den faktiske anskaffelsessum, og de anses for afskrevet maksimalt efter danske regler indtil tilflytningstidspunktet. Ved beregningen af afskrivningerne indtil tilflytningstidspunktet anvendes de danske afskrivningsregler på dette tidspunkt. Der henvises endvidere til pkt. 3.2.1., 3.2.2. og pkt. 4 i skd.cirkulære nr. 82 af 29. maj 1997 om international beskatning.    
Ophører skattepligten, fordi ledelsens sæde flyttes til udlandet, Grønland eller Færøerne finder bestemmelserne om opløsning, overgang til beskatning efter SEL § 1, stk. 1, nr. 6, eller undtagelse fra beskatning efter SEL § 3 og ophør af skattepligt i SEL § 5 tilsvarende anvendelse.