Efter § 38, stk. 3, kan ToldSkat tillade eller stille krav om, at den delvise fradragsret opgøres særskilt for en del af virksomheden. Hvis en virksomhed har flere sektorer, f.eks. hvis den registrerede virksomhed består af flere særskilte virksomheder, eller hvis en virksomhed har flere forskellige driftsaktiviteter, kan/skal fradragsretten opgøres særskilt for den enkelte sektor. Hvis fradragsretten opgøres sektorvis, skal virksomheden føre et tilsvarende sektorregnskab.

Det er en betingelse for at få tilladelse, at der er søgt om det forinden. Der gives således normalt ikke tilladelse til sektorisk opdeling med tilbagevirkende kraft, ligesom der ikke stilles krav om en sådan opdeling med tilbagevirkende kraft.

Udgangspunktet for bestemmelsen er, at en registreringspligtig virksomhed, der anvender varer og ydelser både til fradragsberettigede formål og til andre formål, kun kan foretage delvis fradrag for købsmomsen af indkøbene i forhold til den momspligtige del af virksomheden.

Formålet med bestemmelsen om sektoropdeling er at sikre, at fradragsretten står i et rimeligt forhold til den faktiske anvendelse af de pågældende indkøb, netop fordi købsmomsen kun er fradragsberettiget i det omfang, varerne bruges i den momspligtige del af virksomheden.

Sektoropdeling kan komme på tale i enhver virksomhed, der udøver flere former for aktiviteter, hvor nogle af disse er momspligtige, og andre er fritaget for moms.

Virkning af sektoropdeling Sektorisk opdeling påvirker ikke fradragsretten for omkostninger, der udelukkende vedrører en momspligtig eller en momsfri aktivitet, idet fradragsretten for momsen af sådanne omkostninger vil være henholdsvis fuld og ingen.

Sektorisk opdeling påvirker heller ikke fradragsretten for fællesomkostninger som f.eks. telefon, da fradragsretten for disse omkostninger under alle omstændigheder skal opgøres forholdsmæssigt, jf. § 38, stk. 1.

Derimod har sektoropdeling betydning for fradragsretten for moms, hvor omsætningen inden for et givet aktivitetsområde hidrører fra både momspligtige og ikke momspligtige aktiviteter. Som eksempel kan nævnes en rutebil, der indkører dels momspligtig indtægt (fragt, reklame), dels momsfri indtægt som rutebilkørsel.

Til illustration tjener nedenstående eksempel, som vedrører en vognmandsvirksomhed, der driver virksomhed med 3 aktiviteter, dels hyrevognskørsel (persontransport), der er momsfritaget, jf. § 13, stk. 1, nr. 15, dels rutebilkørsel i form af personbefordring (momsfritaget, jf. § 13, stk. 1, nr. 15) og varetransport mv. (momspligtig), og dels turistbuskørsel, der er en momspligtig aktivitet.

I eksemplet står (mf) for momsfritaget og (mp) for momspligtigt.

Fradragsretten for moms af reparation af en rutebil vil i dette eksempel uden sektoropdeling, jf. § 38, stk. 1 om forholdsmæssig fradragsret, medføre fradragsret for 13 pct. af momsen, fordi omsætningen af momspligtige varer og ydelser skal sættes i forhold til virksomhedens samlede omsætning. Fradragsprocenten fremkommer på følgende måde:

200.000  + 50.000 x 100 = 12,5% = afrundet 13%
2.000.000 

Den tilsvarende fradragsret vil med sektoropdeling i hyrevognskørsel, rutebilkørsel og turistbuskørsel udgøre 17 pct., fordi det er sektorens (rutebilkørsel) momspligtige aktivitet, der skal sættes i relation til sektorens samlede omsætning. Fradragsprocenten fremkommer således:

50.000 x 100 = 16,67% = afrundet 17%
300.000
 
Det bemærkes, at de øvrige 2 sektorers fradragsret er uberørt af sektoropdelingen.

I dette eksempel vil virksomheden være interesseret i sektoropdeling, da fradragsretten i så fald er størst.

Det omvendte kan også være tilfældet, og ToldSkat vil da kunne kræve af virksomheden, at den lader sig opdele i sektorer.

Generelt tillades/kan det kræves, at en virksomhed sektoropdeles, hvis momsmæssige forhold af en vis betydning taler for det.