Das Einkommen, das nach der Sonderregelung besteuert wird, muss für den Empfänger A-Einkommen (Einkommen aus nicht selbstständiger Tätigkeit und anderes Einkommen, auf das die Steuer an der Quelle einbehalten wird) sein. Der Wert von kostenloser Verpflegung und Unterkunft fließt nicht in die Regelung ein.

A-Einkommen sind Geldbeträge gemäß Arbeitsvertrag in Form von Gehalt, Urlaubsentgelt, Honoraren, Tantiemen, Provisionen und dergleichen sowie der Wert eines frei zur Verfügung gestellten Firmenfahrzeugs und Telefons, einschließlich Datenkommunikationsverbindung, sowie vom Arbeitgeber bezahlte ärztliche Behandlungen und Ähnliches.

Außerdem zählen vom Arbeitgeber bezahlte private Aufwendungen des Mitarbeiters, zum Beispiel Zuschüsse für Wohnung, Umzug, Schulgeld und Telefonzuschüsse, zum A-Einkommen.

Für Arbeitsvergütungen in Form von Sachbezügen, die vom Arbeitgeber zur Verfügung gestellt werden, und die kein A-Einkommen darstellen, ist normale Einkommensteuer zu zahlen.

In Bezug auf die Steuer-Sonderregelung ist es also von Bedeutung, ob es sich um Arbeitsentgelt in Form von Geld oder in Form von Sachbezügen handelt. Entscheidend ist, wer rechtlich gesehen über den Vermögenswert - zum Beispiel eine Wohnung - verfügen darf. Ist der Arbeitgeber Eigentümer oder Mieter der Wohnung und stellt diese dem Mitarbeiter zur Verfügung, ist der Wert der kostenlosen Unterkunft als normales steuerpflichtiges Einkommen zu versteuern. Hat der Mitarbeiter die Wohnung gekauft oder den Mietvertrag geschlossen, stellt der Betrag, den der Arbeitgeber zur Deckung der Aufwendungen zahlt, A-Einkommen dar und fällt somit unter die Sonderregelung.

Ein Bonus, der nach Ablauf des Zeitraums, in dem die Forschersteuerregelung gilt, ausgezahlt wird, ist normales steuerpflichtiges Einkommen. Wenn die Steuerpflicht des Mitarbeiters gleichzeitig mit der Besteuerung nach der Regelung endet und der Mitarbeiter zu diesem Zeitpunkt das Recht auf den Betrag erworben hat, kann ein Bonus nach der Regelung besteuert werden, auch wenn er später ausgezahlt wird.